Uma Baleia De Problema Para A Evolução: Mandíbula De Baleia Antiga Encontrada Na Antártida

Por Uncommon Descent | Jonathan McLatchie

14.Outubro.2011

[Nota desse blog: essa pub é uma tradução de um texto antigo do UD (por isso alguns links foram perdidos), porém pertinente sobre os cetáceos, o devaneio evolucionista é o de praxe, e é colossal, um simplismo absurdo, ignorando quantas mudanças complicadíssimas seriam necessárias para transformar algo como um “lobo” num golfinho, numa baleia. O tempo é sempre inimigo, muito tempo representa riscos altíssimos de ser eliminado pela seleção natural, pouco tempo representa insuficiência para ocorrerem as mutações necessárias, e você soma a essa loucura a ausência de uma agência inteligente. A evolução das baleias, dos cetáceos é algo insano!]


MSNBC.com está relatando a descoberta da mandíbula de uma antiga baleia na Antártida: a mais antiga baleia totalmente aquática já descoberta. A notícia relata:

A mandíbula de uma antiga baleia encontrada na Antártica pode ser a mais antiga baleia totalmente aquática já descoberta, disseram cientistas argentinos na terça-feira.

Um cientista não envolvido na descoberta disse que esta poderia sugerir que as baleias evoluíram muito mais rapidamente a partir dos seus precursores anfíbios do que se pensava anteriormente.

O paleontólogo argentino Marcelo Reguero, que liderou uma equipe conjunta argentino-sueca, disse que a mandíbula fossilizada do arqueoceto encontrada em fevereiro remonta a 49 milhões de anos. Em termos evolutivos, isso não está muito longe dos fósseis de protobaleias ainda mais antigas, de 53 milhões de anos atrás, que foram encontrados no Sul da Ásia e em outras latitudes mais quentes.

Essas primeiras protobaleias eram anfíbios, capazes de viver tanto na terra quanto no mar. Esta mandíbula, por outro lado, pertence ao grupo Basilosauridae de baleias totalmente aquáticas, disse Reguero, que lidera pesquisas para o Instituto Antártico Argentino.

“A relevância desta descoberta é que é a baleia completamente aquática mais antiga já encontrada”, disse Reguero, que compartilhou a descoberta com a paleontóloga argentina Claudia Tambussi e os paleontólogos suecos Thomas Mors e Jonas Hagstrom, do Museu de História Natural de Estocolmo.

Paul Sereno, paleontólogo da Universidade de Chicago que não esteve envolvido na pesquisa, disse que se a nova descoberta resistir ao escrutínio de outros cientistas, sugerirá que os arqueocetos evoluíram muito mais rapidamente do que se pensava anteriormente a partir da sua origem semi-aquática no presente. -dia Índia e Paquistão.

“O importante é a localização”, disse Sereno. “Encontrar um na Antártida é muito interessante.”

Como muitos leitores sem dúvida saberão, a evolução da baleia já levantou problemas substanciais devido à escala de tempo extremamente abrupta em que ocorreu. O biólogo evolucionista Richard von Sternberg aplicou anteriormente as equações genéticas populacionais empregadas em um artigo de 2008 de Durret e Schmidt para argumentar contra a plausibilidade da transição acontecer em um período de tempo tão curto. Na verdade, a evolução de Dorudon e Basilosaurus (38 milhões de anos atrás) de Pakicetus (53 milhões de anos atrás) foi anteriormente comprimida em um período de menos de 15 milhões de anos.

Anteriormente, a série das baleias era mais ou menos assim:

Tal transição é uma festa de religação genética e é surpreendente que se presuma que tenha ocorrido por processos darwinianos num espaço de tempo tão curto. Este problema é acentuado quando se considera que a maioria das novidades anatómicas exclusivas dos cetáceos aquáticos (Pelagiceti) surgiram durante apenas alguns milhões de anos – provavelmente dentro de 1-3 milhões de anos.

As equações da genética populacional prevêem que – assumindo um tamanho populacional efetivo de 100.000 indivíduos por geração e um tempo de rotação de gerações de 5 anos (de acordo com os cálculos de Richard Sternberg e com base nas equações de genética populacional aplicadas no artigo de Durrett e Schmidt), que pode-se razoavelmente esperar que duas mutações coordenadas específicas alcancem a fixação no período de cerca de 43,3 milhões de anos.

Quando se considera a magnitude da festa da engenharia, verifica-se que tal cenário é desprovido de credibilidade. As baleias necessitam de um sistema intra-abdominal de troca de calor em contracorrente (os testículos estão dentro do corpo bem próximo aos músculos que geram calor durante o nado), elas precisam possuir uma vértebra esférica porque a cauda tem que se mover para cima e para baixo em vez de lateralmente.

Por outro lado, exigem uma reorganização do tecido renal para facilitar a ingestão de água salgada, requerem uma reorientação do feto para o parto debaixo de água, requerem uma modificação das glândulas mamárias para a amamentação de jovens sob água, os membros anteriores têm de ser transformados em barbatanas, os membros posteriores têm de ser substancialmente reduzidos, necessitam de um surfactante pulmonar especial (o pulmão tem de voltar a expandir-se muito rapidamente ao subir à superfície), etc.

Com esta nova descoberta fóssil, no entanto, datada de 49 milhões de anos atrás (tenha em mente que Pakicetus viveu há cerca de 53 milhões de anos), isso significa que as primeiras baleias totalmente aquáticas datam agora da época em que as baleias ambulantes (Ambulocetus) apareceram pela primeira vez. Isto reduz substancialmente o intervalo de tempo durante o qual o mecanismo darwiniano tem de realizar inovações de engenharia verdadeiramente radicais e religações genéticas para talvez apenas cinco milhões de anos – ou talvez até menos. Também sugere que esta baleia totalmente aquática existia antes de seus ancestrais arqueocetídeos semiaquáticos, anteriormente considerados.

Outro dia; mais um dia ruim para o darwinismo.

Sexta-Feira Fóssil: A Origem Explosiva De Olhos Complexos Em Trilobitas

Por Günter Bechly | Evolution News

21 de abril de 2023, 6h14

Esta sexta-feira fóssil apresenta um fóssil de minha própria coleção, um trilobita facópídeo do Devoniano de Marrocos. Observe a notável preservação dos proeminentes olhos compostos.

Um trabalho recente de Schoenemann (2021) forneceu uma “visão geral abrangente sobre o que se sabe sobre os olhos dos trilobitas e seu funcionamento após mais de 120 anos de intensa pesquisa sobre este tópico”.

O autor mencionou que os trilobitas “apareceram bem no início da Explosão Cambriana” e “formaram um componente importante do Grande Evento de Diversificação do Ordoviciano“, dois eventos que foram chamados de ‘Big Bangs‘ da vida.

Schoenemann descobriu que “o trilobita não tem predecessor físico aqui” e “eles são equipados desde o início de sua aparição no registro fóssil com elaborados olhos compostos”. Isso confirma exatamente o que proponentes do DI como Stephen Meyer e eu enfatizamos o tempo todo.

Schoenemann também descreve como “a diversidade da morfologia dos olhos dos trilobitas ‘explode’ com o Ordoviciano”, o que realmente não soa como um desenvolvimento gradual de forma darwiniana.

Embora alguns dos diferentes tipos de olhos trilobitas possam, pelo menos teoricamente, ser “obtidos por modificações do princípio comum de olhos holocroais originais“, os olhos esquizocroais altamente especializados dos facopídeos “aparecem como não sendo olhos de aposição“, o que requer uma grande reengenharia que certamente envolveu múltiplas mutações coordenadas que implicam um problema de tempo de espera.

Portanto, a origem abrupta de tais inovações biológicas desafia uma explicação darwiniana, porque os números não batem. Outro novo estudo de Schoenemann et al. (2021) até reforçou esse problema.

Eles poderiam mostrar que os olhos facopídeos realmente representam um tipo único de olhos hipercompostos, onde dezenas a centenas de pequenos olhos compostos são cobertos por uma única lente.

Nada remotamente semelhante é encontrado entre qualquer um dos outros milhões de artrópodes ou em qualquer outro lugar no reino animal.

▪️ Um cenário filogenético

Em um arquivo suplementar, os autores sugeriram um cenário filogenético para a origem dos diferentes olhos em artrópodes, mas sua figura enfatiza o abismo anatômico entre as diferentes construções. Os autores não podem oferecer nenhuma explicação plausível de como tais transições poderiam ter sido alcançadas, além de especulações embaraçosamente superficiais de que poderia haver programas genéticos que “simplesmente produziram” essas estruturas.

É um padrão geral na biologia evolutiva que as chamadas explicações seguem o padrão “porque a evolução é verdadeira, pode ter havido um processo imaginário X que a fez acontecer”.

Isso não é melhor do que explicar o fenômeno de que o ópio dá sono com um poder dormitivo imaginário, já ridicularizado pelo dramaturgo francês Molière (1673).

Exercícios de petição de princípio e narrativas fantasiosas dominam o campo da biologia evolutiva, enquanto quaisquer hipóteses rigorosas são visivelmente ausentes, e é por isso que eu, como ex-biólogo evolutivo, cheguei à conclusão de que esta disciplina não se qualifica como verdadeira ciência.

▪️ Outro fato interessante

Mas há outro fato interessante que vale a pena mencionar: Embora existam zilhões de fósseis de trilobitas perfeitamente preservados, que fornecem informações detalhadas sobre sua anatomia completa, incluindo tecidos moles e a intrincada construção interna de seus olhos compostos, Schoenemann (2021) admitiu que “ainda hoje a posição filogenética é vigorosamente debatida” quase sem consenso além do trivial fato de serem (eu)artrópodes.

Os darwinistas devem esperar que, com informações anatômicas suficientes, qualquer organismo possa ser facilmente colocado na árvore da vida porque as semelhanças homólogas devem ser um guia confiável para reconstruir ancestralidade comum e relacionamento filogenético.

As enormes controvérsias entre os biólogos sobre evidências filogenéticas conflitantes e reconstruções de árvores incompatíveis mostram que a expectativa darwiniana geralmente falha no teste decisivo da realidade.

Felizmente, a teoria tornou-se imune à falsificação empírica porque é simplesmente considerada verdadeira por padrão como a única opção viável para os materialistas. Esse tipo de imunização contra a falsificação combinada com a demonização de qualquer cético é outra marca registrada da pseudociência.


Referências

• Schoenemann B 2021. An overview on trilobite eyes and their functioning. Arthropod Structure & Development 61:101032, 1-14. DOI: https://doi.org/10.1016/j.asd.2021.101032

• Schoenemann B, Clarkson ENK, Bartels C, Südkamp W, Rössner GE & Ryck U 2021. A 390 million-year-old hyper-compound eye in Devonian phacopid trilobites. Scientific Reports 11:19505, 1-10. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-021-98740-z

Jim Tour Desmascara O Duplo Padrão E O Comentário Impreciso de Steve Benner Sobre a Origem da Vida

Por Brian Miller | Evolution News

21 de fevereiro de 2023, 9h54

Em meus artigos mais recentes (aqui, aqui), resumi como a personalidade do YouTube Dave Farina deturpou a pesquisa do químico sintético Bruce Lipshutz e como o colega químico sintético Lee Cronin distorceu a relevância de sua pesquisa para o mistério da origem da vida.

Agora, vou resumir James Tour desmascarado o duplo padrão aplicado por outro químico sintético, Steve Benner, ao avaliar a pesquisa da origem da vida de outros investigadores em comparação com a sua própria.

Veja (áudio em inglês) os vídeos do Tour abaixo:


Se Benner avaliasse seus experimentos pelo mesmo padrão que aplicava aos outros, ele teria reconhecido que suas tentativas de entender a origem da vida não renderam nada de valor. Seu fracasso é particularmente notável, visto que ele é uma figura importante no campo.

▪️ A Crítica Imprecisa de Benner ao Tour

Benner começou sua entrevista com Farina deturpando completamente o conteúdo dos vídeos de Tour, demonstrando que não os assistiu com atenção. Ele então afirmou a crítica de Tour aos experimentos que começam com compostos ultrapuros comprados comercialmente, depois os deixam interagir sob um controle muito estrito e, finalmente, extraem da confusão algumas moléculas que são biologicamente úteis. Tal pesquisa não tem relevância para o que poderia ter ocorrido na Terra primitiva.

Benner então afirmou que os químicos prebióticos “trabalham muito para não fazer essa crítica se aplicar”. Tour demonstrou que o retrato do campo de Benner é totalmente impreciso, listando numerosos químicos sintéticos que realizam o mesmo tipo de experimentos irrealistas.

Todo experimento que gerou algo útil para a vida teve que começar com misturas químicas irreais e empregar controle extremo do investigador, e todo experimento que começa com moléculas e condições realistas gera uma mistura intratável de inúmeras moléculas orgânicas que nunca poderiam contribuir para a origem da vida (aqui, aqui, aqui).

▪️ Sintetizando Nucleotídeos

Tour então analisou o experimento de Benner que produziu ribose, uma porção de nucleotídeos.

O experimento deixou o formaldeído e o glicolaldeído reagirem na presença de borato e outros minerais, e os produtos foram então identificados.

A reação rendeu ribose, mas apenas como um de um grande número de outros produtos, e a ribose se degradou em poucos dias.

Tour caracterizou o resultado do experimento como “lixo”. Como em todos esses experimentos, a ribose nunca poderia se separar dos outros compostos e então se combinar com uma nucleobase e fosfato para formar nucleotídeos em concentrações não-traços sob quaisquer condições naturais realistas.

Tour então expôs como o caminho proposto por Benner para gerar nucleotídeos depende da própria intervenção que Benner afirmou ter trabalhado duro para evitar.

Benner afirmou em seu artigo de 2019 publicado na revista Life que a ribose poderia ter reagido com amidotrifosfato (AmTP) para anexar um fosfato à ribose sem intervenção humana. No entanto, esta reação não funcionará com o produto do experimento de síntese de ribose de Benner. Em vez disso, a ribose ultrapura deve ser comprada comercialmente.

Além disso, Benner não divulgou os detalhes da reação do AmTP, mas simplesmente citou Krishnamurthy et al. (2000). No entanto, esse artigo detalha a enorme intervenção do investigador necessária para conduzir a reação. Tour também expôs como o AmTP e outros agentes de fosforilação, como o diamidofosfato, não poderiam ter se originado na Terra primitiva.

Todas as alegações de que essas moléculas são prebióticamente relevantes são baseadas em trilhas de citações que não levam a lugar nenhum.

Como problema final, Tour identificou o uso de cloreto de magnésio (MgCl 2 ) para viabilizar a reação. O desafio é que esse composto impediria que os nucleotídeos se ligassem em cadeias. Da mesma forma, as condições químicas necessárias para produzir ribose são diferentes daquelas necessárias para produzir nucleobases. Conseqüentemente, a síntese de nucleotídeos requer o transporte de moléculas para diferentes ambientes com tempo e condições muito mais orquestrados do que o que poderia ocorrer naturalmente.

▪️ Formando RNA Em Vidro de Basalto

Mais tarde em sua entrevista, Benner afirmou que seus colegas demonstraram que os nucleotídeos poderiam ter se ligado em longas cadeias em rochas antigas sem “materiais de partida puros ou intervenção humana constante”.

Tour detalhou como Benner deturpou completamente o estudo de 2022 ao qual ele se referiu.

Isso por vários motivos:

A formação de cadeias nunca teria ocorrido sem as condições experimentais cuidadosamente controladas. Mesmo com as condições irrealistas, o experimento gerou cadeias contendo muitos nucleotídeos ligados com as ligações erradas, de modo que as cadeias seriam inúteis para qualquer cenário de origem da vida.

A descrição de Benner da pesquisa dele e de seus colegas foi quase inteiramente sensacionalista.

O mesmo é verdade para as afirmações de que qualquer um dos principais desafios na explicação da origem da vida por meio de processos não direcionados foi resolvido.

Benner, Cronin e muitos outros pesquisadores fariam bem em levar a sério uma crítica dos experimentos de origem da vida escritos pela própria Fundação de Benner para Evolução Molecular Aplicada:

“As comunidades que estudam as origens da vida divergiram nos últimos anos”, observou Steven Benner, coautor do estudo publicado online na revista Astrobiology .

“Uma comunidade revisita questões clássicas com esquemas químicos complexos que exigem química difícil realizada por químicos qualificados”, explicou Benner. “Seus belos trabalhos manuais aparecem em revistas de renome, como Nature e Science .”

No entanto, precisamente por causa da complexidade dessa química, ela não pode explicar como a vida realmente se originou na Terra.

Cientistas Descobrem Como São As Redes De Células-Tronco E De Onde Elas Vieram

Pela Universidade de Copenhague | Phys.Org

12.Dez.2022

Peixes celacantos e outros animais. Crédito: Woranop Sukparangsi

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[Nota deste blog sobre este artigo: este artigo é uma peça evolucionista, logo entenda que o mesmo contém dados objetivos sim, mas possui o viés de confirmação evolucionista mas também possui o uso indevido pelos evolucionistas de linguagem teleológica, aristotelismo e o wishful thinking evolucionista de praxe, a ênfase adicionada não é por mera estética: evidencia vícios de linguagem teleológica descarados, dados claros onde se pode inferir o design inteligente por pura lógica, e evidencia a contraproducência do evolucionismo.]

Um coração batendo, um órgão complicado que bombeia sangue pelo corpo de animais e humanos, não é exatamente algo que você associa a uma placa de Petri em um laboratório.

Mas isso pode mudar no futuro e pode salvar a vida de pessoas cujos próprios órgãos falham. A pesquisa está agora um passo mais perto disso.

Para projetar órgãos artificiais, primeiro você precisa entender as células-tronco e as INSTRUÇÕES GENÉTICAS que GOVERNAM suas propriedades notáveis. O professor Joshua Mark Brickman, do Novo Nordisk Foundation Center for Stem Cell Medicine (reNEW), desenterrou as origens evolutivas de um gene MESTRE que atua em uma rede de que INSTRUI as células-tronco.

“O primeiro passo na é entender a de genes que sustenta as chamadas células-tronco pluripotentes. Entender como sua função foi APERFEIÇOADA na pode ajudar a fornecer conhecimento sobre como construir células-tronco melhores”, diz Joshua Mark Brickman.

Células-tronco pluripotentes são células-tronco que podem se desenvolver em todas as outras células; por exemplo, células cardíacas. Se entendermos como as células-tronco pluripotentes se desenvolvem em um coração, estaremos um passo mais perto de replicar esse processo em laboratório.

▪️ Um ‘fóssil vivo’ é a chave para entender as células-tronco

A propriedade pluripotente das células-tronco – o que significa que as células podem se desenvolver em qualquer outra célula – é algo tradicionalmente associado aos mamíferos.

Agora Brickman e seus colegas descobriram que o gene mestre que controla as células-tronco e dá suporte à pluripotência também existe em um peixe chamado celacanto. Em humanos e camundongos, esse gene é chamado OCT4, e os pesquisadores descobriram que a versão do celacanto poderia substituir a dos mamíferos nas células-tronco do camundongo.

Além do fato de o celacanto pertencer a uma classe diferente dos mamíferos, ele também é chamado de “fóssil vivo”, pois há aproximadamente 400 milhões de anos se desenvolveu na forma que tem hoje. Tem barbatanas em forma de membros e, portanto, acredita-se que se assemelhe aos primeiros animais a se moverem do mar para a terra.

“Ao estudar suas células, você pode voltar na evolução, por assim dizer“, explica a professora assistente Molly Lowndes.

O professor assistente Woranop Sukparangsi continua: “O fator central que CONTROLA a rede de genes nas células-tronco é encontrado no celacanto. Isso mostra que a rede JÁ EXISTIA NO INÍCIO DA EVOLUÇÃO, potencialmente há 400 milhões de anos”.

Ao estudar a rede em outras espécies, como este peixe, os pesquisadores podem destilar quais são os conceitos básicos que sustentam uma célula-tronco.

“A beleza de retroceder na evolução é que os organismos se tornam mais simples. Por exemplo, eles têm apenas uma cópia de alguns genes essenciais em vez de muitas versões. Assim, você pode começar a separar o que é realmente importante para as células-tronco e usar isso para melhorar a forma como você cultiva células-tronco em um prato”, diz a estudante Ph.D. Elena Morganti.

▪️ Tubarões, ratos e cangurus

Além dos pesquisadores descobrirem que a rede em torno das células-tronco é muito mais antiga do que se pensava e encontrada em espécies antigas, eles também aprenderam como exatamente a evolução modificou a rede de genes para suportar .

Os pesquisadores analisaram os genes das células-tronco de mais de 40 animais, incluindo tubarões, camundongos e cangurus. Os animais foram selecionados para fornecer uma boa amostragem dos principais pontos de ramificação na evolução.

Os pesquisadores usaram para construir modelos tridimensionais das diferentes proteínas OCT4. Os pesquisadores puderam ver que a estrutura geral da proteína é mantida ao longo da evolução. Embora as regiões dessas proteínas conhecidas por serem importantes para NÃO MUDEM, as diferenças específicas da espécie em regiões aparentemente não relacionadas dessas proteínas alteram sua orientação, afetando potencialmente o quão bem ela suporta a pluripotência.

“Esta é uma descoberta muito empolgante sobre a evolução que não teria sido possível antes do advento de novas tecnologias. Você pode ver isso como uma EVOLUÇÃO INTELIGENTE pensando: ‘Não mexemos no motor do carro, mas PODEMOS movê-lo ao redor e MELHORAR o trem de força para ver se ele faz o carro andar mais rápido'”, diz Brickman.

O artigo foi publicado na revista Nature Communications.

O estudo é um projeto colaborativo que abrange Austrália, Japão e Europa, com parcerias estratégicas vitais com os grupos de Sylvie Mazan no Observatório Oceanológico de Banyuls-sur-Mer na França e o professor Guillermo Montoya no Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research na Universidade de Copenhague.

[Ênfase adicionada]

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Mais informações: Woranop Sukparangsi et al, Evolutionary origin of vertebrate OCT4/POU5 functions in supporting pluripotency, Nature Communications (2022). DOI: 10.1038/s41467-022-32481-z

Sexta-feira Fóssil: Baleias Ambulantes E Por Que Todas As Críticas Ao Problema Do Tempo de Espera Falham

Por Günter Bechly | Evolution News
30 de setembro de 2022, 9h46

Esta sexta-feira dos fósseis apresenta os esqueletos reconstruídos de Pakicetus (abaixo) e Ambulocetus (acima), que são as chamadas “baleias ambulantes” do Eoceno do Paquistão.

Esses fósseis são frequentemente celebrados como elos perdidos e uma história de sucesso para o darwinismo. No entanto, eles de fato criam um problema fatal para o neodarwinismo, que é conhecido como o problema do tempo de espera.

O problema geral é que a janela de tempo estabelecida pelo registro fóssil para a transição de “baleias ambulantes” para baleias totalmente marinhas é muito curta para acomodar os tempos de espera para a origem e disseminação das mudanças genéticas necessárias, com base em a estrutura matemática padrão da genética de populações. Este problema foi elaborado de forma popular em várias publicações da comunidade do DI (Meyer 2013, Evolution News 2016, LeMaster 2018 ), e no documentário da Illustra Media Living Waters.

▪️ Um projeto de pesquisa multidisciplinar em andamento

O problema do tempo de espera é objeto de um projeto de pesquisa multidisciplinar em andamento financiado pelo Discovery Institute.

Já publicamos o trabalho de base teórica em dois artigos revisados por pares nos principais meios de comunicação (Hössjer et al. 2018, 2021). Uma aplicação sobre o exemplo das origens das baleias é apresentada por Bechly et al. (em preparação).

O problema do tempo de espera tem sido alvo de críticas desdenhosas por porta-vozes anti-DI (por exemplo, Moran 2016, Rasmussen 2021, Stern-Cardinale 2022, Farina 2022), que alegaram que é falacioso e não desafia o darwinismo.

Abordaremos essa crítica detalhadamente em nosso próximo artigo técnico, mas deixe-me aqui refutar brevemente os pontos principais para um público leigo, para que você esteja preparado para eventuais debates.

▪️ Revendo os pontos principais

1.) Os críticos muitas vezes sugerem explicitamente ou implicitamente que o problema do tempo de espera é um pseudoproblema inventado por criacionistas maus e estúpidos.

Este é um argumento tolo e embaraçosamente incompetente, que apenas mostra que esses críticos não apenas falharam em entender o problema, mas também parecem estar totalmente inconscientes de que o problema do tempo de espera tem uma longa história e tem sido muito discutido na ciência convencional (especialmente genética de populações). Ele ainda desempenha um papel importante na pesquisa do câncer.

Eles deveriam conversar com o professor de Harvard Martin Nowak, que é biólogo evolucionista e especialista no problema do tempo de espera. Aqui estão apenas algumas referências de cientistas renomados que publicam sobre essa “coisa maluca” como Farina (2022) a chama:

Bodmer (1970), Karlin (1973), Christiansen et al. (1998), Schweinsberg (2008), Durrett et al. (2009), Behrens et al. (2012) e Chatterjee et al. (2014).

Não foi antes de Behe & Snoke (2004, 2005) e Behe (2007, 2009) que o problema do tempo de espera foi reconhecido como argumento para o design inteligente. Durrett & Schmidt (2008) tentaram refutar Behe, mas chegaram a um tempo de espera proibitivo de 216 milhões de anos para uma única mutação coordenada na evolução humana, enquanto apenas cerca de 6 milhões de anos estão disponíveis desde a origem da linhagem humana de um ancestral comum com chimpanzés. Behe chegou às 10 15anos usando dados empíricos sobre um tempo de espera real para uma mutação coordenada que transmitiu resistência à droga cloroquina na malária.

Ele simplesmente transpôs essas descobertas empíricas em humanos, considerando seu tamanho populacional muito menor e tempo de geração muito maior. O resultado de Durrett & Schmidt foi baseado em um modelo matemático, que obviamente deve fazer algumas simplificações que podem introduzir erros. Quando tais cálculos de modelo entram em conflito com dados empíricos concretos, devemos confiar nos dados empíricos como se estivessem mais próximos da verdade. De qualquer forma, ambos os números são proibitivos e refutam a viabilidade de um mecanismo darwiniano de macroevolução.

2.) A maioria dos críticos considerou a objeção mais poderosa como sendo a “falácia do atirador de elite do Texas“. Eles alegaram que a natureza não busca mutações específicas como alvo, mas é totalmente aleatória. Esse argumento falha porque pressupõe a existência de muitos alvos, o que é contrariado pela raridade de função no espaço de busca de proteínas e pelo fenômeno comum de convergência.

O argumento também falha em reconhecer que a vida não pode permitir períodos de má adaptação apenas para descer um pico local da paisagem de aptidão para explorar outros. Em vez disso, a vida precisa se adaptar ainda mais ao seu pico de aptidão local, o que requer soluções específicas para problemas específicos. Não é como qualquer mutação benéfica poderia fazer. Uma baleia-tronco não teria utilidade para uma mutação que seria benéfica para uma ave-tronco, como melhorar a pneumática esquelética.

3.) Alguns críticos não entenderam o conceito de mutações coordenadas e até o chamaram de sem sentido.

Eles sugeriram que cada mutação individual pode ser selecionada. Isso mostra que eles não entenderam o ponto simples de que em mutações coordenadas cada mutação individual é neutra e, portanto, em princípio, não pode ser selecionada.

Apenas a combinação de mutações coordenadas tem um valor de seleção, que é o ponto principal, e a razão pela qual elas foram chamadas de “mutações coordenadas” em primeiro lugar.

4.) Alguns críticos afirmam que o problema do tempo de espera implica que as mutações devem ocorrer em uma sequência específica. Isso é simplesmente falso e talvez baseado em um mal-entendido do termo técnico “gene coordenado”. O fato é que nenhum proponente de DI jamais alegou que o problema do tempo de espera se aplica apenas a sequências particulares de mutações.

Para qualquer conjunto de parâmetros razoáveis, os tempos de espera para mutações coordenadas (ou seja, mutações que precisam ocorrer juntas para ter um valor de seleção) serão proibitivos, independentemente da ordem dessas mutações. O que é verdade é que o problema do tempo de espera fica ainda pior quando essas mutações também precisam ocorrer em uma sequência específica.

5.) Os críticos também alegaram que o problema do tempo de espera ignora a recombinação, que de acordo com Farina (2022) “desconta sem fundamento o profundo benefício evolutivo” e está “acelerando dramaticamente o acúmulo de mutações benéficas”. Isso mostra quão ignorantes são os críticos da literatura técnica atual, pois a influência da recombinação do problema do tempo de espera foi estudada por Christiansen et al. (1998), que mostraram que:

“A recombinação diminui o tempo de espera até que uma nova combinação genotípica apareça pela primeira vez, mas o efeito é pequeno [grifo meu] em comparação com a taxa de mutação e o tamanho da população”.

Em nossos artigos (Hössjer et al. 2018, 2021, Bechly et ai. na preparação) mostramos que a recombinação não afeta o tempo de espera sob suposições realistas para parâmetros como taxas de mutação e tamanhos de população.

6.) Os críticos também afirmam que o problema é meramente teórico, mas não realista em termos biológicos, por exemplo, porque não se aplica a exemplos concretos ou porque mutações coordenadas não são necessárias. Abordaremos esta última afirmação muito detalhadamente em nosso próximo artigo, onde aplicamos a estrutura teórica ao exemplo concreto das origens das baleias.

Também mostraremos, com base em dados evo-devo convencionais, que realmente são necessárias mutações coordenadas. Isso também é sugerido pelo fato de que mesmo caracteres simples como a cor da pele se mostraram altamente poligênicos, portanto controlados por muitos genes diferentes. A propósito: O problema do tempo de espera também foi aplicado ao exemplo concreto das origens humanas por Durrett & Schmidt (2008) e Sanford et al. (2015) com resultados proibitivos para a evolução darwiniana.

▪️ E finalmente

Por último, mas não menos importante, alguns críticos ficaram intrigados com a forma como os artigos dos proponentes do DI sobre o problema do tempo de espera poderiam de alguma forma chegar a periódicos revisados por pares, como o prestigioso Journal of Theoretical Biology. Bem, isso é fácil: porque é uma boa ciência revisada por pares e a censura usual da máfia darwinista às vezes falha em sabotar a publicação de pesquisas inconvenientes, mesmo que elas sempre se esforcem muito.

É o cúmulo da hipocrisia quando as mesmas pessoas se voltam e afirmam que os proponentes do DI não publicam suas coisas na literatura revisada por pares. Os darwinistas, como é bem conhecido, adoram jogar o jogo “Cara eu ganho, rabo você perde”.


Referências

  • Behrens S, Nicaud C & Nicodéme P 2012. An automaton approach for waiting times in DNA evolution. Journal of Computational Biology 19(5), 550–562. DOI: https://doi.org/10.1089/cmb.2011.0218
  • Behe MJ 2007. The Edge of Evolution. Free Press, New York (NY), 336 pp.
  • Behe M 2009. Waiting Longer for Two Mutations. Genetics 181(2), 819–820. DOI: https://doi.org/10.1534/genetics.108.098905
  • Behe MJ & Snoke DW 2004. Simulating evolution by gene duplication of protein features that require multiple amino acid residues. Protein Science 13(10), 2651–2664. DOI: https://doi.org/10.1110/ps.04802904
  • Behe MJ & Snoke DW 2005. A response to Michael Lynch. Protein Science 14(9), 2226–2227. DOI: https://doi.org/10.1110/ps.051674105
  • Bodmer WF 1970. The evolutionary significance of recombination in prokaryotes. Symposium of the Society for General Microbiology 20, 279–294.
  • Chatterjee K, Pavlogiannis A, Adlam B & Nowak MA 2014. The time scale of evolutionary innovation. PLoS Computional Biology 10(9):d1003818, 1–7. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003818
  • Christiansen FB, Otto SP, Bergman A & Feldman MW 1998. Waiting with and without Recombination: The Time to Production of a Double Mutant. Theoretical Population Biology53(3), 199–215. DOI: https://doi.org/10.1006/tpbi.1997.1358
  • Durrett R & Schmidt D 2008. Waiting for two mutations: with applications to regulatory sequence evolution and the limits of Darwinian evolution. Genetics 180(3), 1501–1509. DOI: https://doi.org/10.1534/genetics.107.082610
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  • Stern-Cardinale D 2022. Creation Myth: The “Waiting Time Problem” Creation MythsFebruary 15, 2022. https://youtu.be/F748itCI_es

Mais Sobre Máquinas Auto-Replicantes

Granville Sewell | Evolution News

27 de junho de 2022, 12hs39min

Em um post no início deste mês, descrevi Three Realities Chance Can’t Explain That Intelligent Design Can.

O post mostrou alguns dos problemas com explicações materialistas sobre como as quatro forças fundamentais e não inteligentes da física sozinhas poderiam ter reorganizado as partículas fundamentais da física na Terra em computadores, textos científicos e telefones inteligentes. Fiz uma comparação com máquinas auto-replicantes:

[Eu]imagino que de alguma forma conseguimos projetar, digamos, uma frota de carros com fábricas de construção de automóveis totalmente automatizadas, capazes de produzir carros novos – e não apenas carros novos normais, mas carros novos com fábricas de construção de automóveis totalmente automatizadas dentro deles. Quem poderia acreditar seriamente que, se deixássemos esses carros sozinhos por muito tempo, o acúmulo de erros de duplicação cometidos à medida que se reproduzissem resultaria em outra coisa que não a devolução e, eventualmente, poderia até ser organizado por forças seletivas em modelos de automóveis mais avançados?

▪️ Um olhar mais cuidadoso

Mas eu não acho que isso deixa suficientemente claro o quão difícil seria criar carros verdadeiramente auto-replicantes. Então vamos ver isso com mais cuidado. Sabemos como construir um carro Ford Modelo T simples. Agora vamos construir uma fábrica dentro deste carro, para que ele possa produzir carros Modelo T automaticamente.

Chamaremos o novo carro, com a fábrica do Modelo T dentro, de “Modelo U”.

Um carro com uma fábrica de automóveis inteira dentro, que nunca requer qualquer intervenção humana, está muito além da nossa tecnologia atual, mas não parece impossível que as gerações futuras possam construir um Modelo U.

É claro que os carros Modelo U não são auto-replicadores, porque eles só podem construir modelos T simples.

Então, vamos adicionar mais tecnologia a este carro para que ele possa construir o Modelo U, ou seja, o Modelo T com fábricas de construção de automóveis dentro. Este novo carro “Modelo V”, com uma fábrica totalmente automatizada no interior capaz de produzir os Modelos U (que estão muito além da nossa tecnologia atual), seria inimaginavelmente complexo.

Mas este novo Model V agora é um auto-replicador? Não, porque apenas constrói o Modelo U muito mais simples. As espécies do Modelo V serão extintas após duas gerações, porque seus filhos serão Modelo U e seus netos serão Modelo T inférteis!

▪️ Então de volta ao trabalho

Cada vez que adicionamos tecnologia a esse carro, para aproximá-lo da meta de reprodução, apenas movemos as traves, porque agora temos um carro mais complicado de reproduzir.

Parece que os novos modelos cresceriam exponencialmente em complexidade, e começamos a nos perguntar se é mesmo teoricamente possível criar máquinas auto-replicantes.

No entanto, vemos essas máquinas ao nosso redor no mundo dos vivos. Você e eu somos dois exemplos. E aqui ignoramos a questão muito difícil de onde esses carros obtêm os metais, a borracha e outras matérias-primas de que precisam para abastecer suas fábricas.

É claro que os materialistas dirão que a evolução não criou diretamente máquinas auto-replicantes avançadas.

Em vez disso, levou apenas um primeiro auto-replicador simples e gradualmente evoluiu para auto-replicadores cada vez mais avançados.

Mas, além do fato de que os engenheiros humanos ainda não têm ideia de como criar qualquer máquina auto-replicante “simples”, o ponto é que os evolucionistas estão atribuindo a causas naturais a capacidade de criar coisas muito mais avançadas do que carros auto-replicantes (por exemplo, humanos auto-replicantes), que parecem impossíveis, ou virtualmente impossíveis, de projetar.

Eu admiti em meu post anterior (e em meu vídeo A Summary of the Evidence for Intelligent Design ”) que engenheiros humanos podem algum dia construir uma máquina auto-replicante. Mas mesmo que o façam, isso não mostrará que a vida poderia ter surgido por meio de processos naturais. Só terá mostrado que poderia ter surgido através do design.

▪️ Design por erros de duplicação

De qualquer forma, como escrevi lá, mesmo que pudéssemos criar carros auto-replicantes, quem poderia acreditar seriamente que os erros de duplicação cometidos à medida que se reproduziam poderiam levar a grandes avanços? (E até mesmo máquinas inteligentes e conscientes eventualmente.) Certamente uma máquina inimaginavelmente complexa como um carro auto-replicante só poderia ser danificada por tais erros, mesmo quando filtrada pela seleção natural.

Estamos tão acostumados a ver animais e plantas se reproduzirem com degradação mínima de geração em geração que não percebemos o quão surpreendente isso realmente é.

Nós realmente não temos ideia de como os seres vivos são capazes de passar suas atuais estruturas complexas para seus descendentes, muito menos como eles poderiam evoluir estruturas ainda mais complexas.

Quando os matemáticos têm uma prova simples e clara de um teorema e um contra-argumento longo e complicado, cheio de suposições não comprovadas e argumentos questionáveis, aceitamos a prova simples, mesmo antes de encontrarmos os erros no contra-argumento complicado.

O argumento para o design inteligente não poderia ser mais simples ou mais claro: forças não inteligentes sozinhas não podem reorganizar átomos em computadores e aviões e usinas nucleares e telefones inteligentes, e qualquer tentativa de explicar como isso pode falhar em algum lugar porque obviamente não pode.

Como muitos cientistas não ficam impressionados com argumentos tão simples, meu post foi uma tentativa de apontar alguns dos erros na explicação de três etapas do materialista sobre como eles poderiam. E dizer que todas as três etapas estão cheias de suposições não comprovadas e argumentos questionáveis é um eufemismo.

No mínimo, deve ficar claro agora que, embora a ciência possa explicar tudo o que aconteceu em outros planetas apelando apenas para as forças não inteligentes da natureza, tentar explicar a origem e a evolução da vida na Terra é uma tarefa muito mais difícil e o design inteligente deve pelo menos ser contado entre as opiniões que podem ser ouvidas.

De fato, isso já está começando a acontecer.

Estudo Sugere Que a Maioria de Nossas Árvores Evolutivas Pode Estar Errada


Nota deste blog:

O artigo a seguir é só uma amostra do quão o evolucionismo se tornou um dos maiores embustes da ciência, e não se engane, os evolucionistas sempre recorrem a ad hocs antes dessas confissões públicas, afinal, não irão falsificar seu amado modelo “científico”. O artigo é um pequeno buffet de as hocs.

Então aquilo que seria a confissão de um dia muito ruim para a TE se torna num dia para reforçar a “robustez” teórica do tal modelo. Eu sugiro a leitura desse artigo (você pode ler aqui) de um acadêmico evolucionista sobre filogenia pra mostrar que a segurança nas árvores moleculares não passa de aparência, de propaganda, de lobby darwinista.

A verdade é que a árvore evolucionista da vida, a árvore de Darwin é obsoleta, é mais furada que queijo suíço… A ancestralidade comum universal não passa de pseudociência e wishful thinking evolucionista. E a tal evolução convergente denúncia o quão blindado à falseabilidade esse péssimo modelo teórico é.

Agora, segue o artigo:

****

Pela Universidade de Bath | Phys.Org

As árvores evolutivas moleculares mostram que os musaranhos-elefante estão mais intimamente relacionados aos elefantes do que aos musaranhos. Crédito: Danny Ye

Uma nova pesquisa liderada por cientistas do Milner Center for Evolution da Universidade de Bath sugere que determinar árvores evolutivas de organismos comparando anatomia em vez de sequências genéticas é enganosa.

O estudo, publicado na Communications Biology, mostra que muitas vezes precisamos derrubar séculos de trabalhos acadêmicos que classificaram os seres vivos de acordo com sua aparência.

Desde Darwin e seus contemporâneos no século 19, os biólogos vêm tentando reconstruir as “árvores genealógicas” dos animais examinando cuidadosamente as diferenças em sua anatomia e estrutura (morfologia).

No entanto, com o desenvolvimento de técnicas de sequenciamento genético rápido, os biólogos agora são capazes de usar dados genéticos (moleculares) para ajudar a reunir para espécies de forma muito rápida e barata, muitas vezes provando que organismos que antes pensávamos estarem intimamente relacionados, na verdade pertencem a regiões completamente diferentes ramos da árvore.

Pela primeira vez, cientistas de Bath compararam árvores evolutivas baseadas em morfologia com aquelas baseadas em e as mapearam de acordo com a localização geográfica.

Eles descobriram que os animais agrupados por árvores moleculares viviam mais próximos geograficamente do que os animais agrupados usando as árvores morfológicas.

Matthew Wills, professor de Paleobiologia Evolutiva do Milner Center for Evolution da Universidade de Bath, diz que “acontece que temos muitas de nossas árvores evolutivas erradas“.

Por mais de cem anos, classificamos os organismos de acordo com a aparência e a forma anatômica, mas os dados moleculares geralmente nos contam uma história bem diferente”.

“Nosso estudo prova estatisticamente que, se você construir uma árvore evolutiva de animais com base em seus dados moleculares, ela geralmente se encaixa muito melhor com sua distribuição geográfica”.

“Onde as coisas vivem – sua biogeografia – é uma importante fonte de evidência evolutiva que era familiar a Darwin e seus contemporâneos.”

“Por exemplo, minúsculos musaranhos elefantes, porcos-da-terra, elefantes, toupeiras douradas e peixes-boi nadadores vieram do mesmo grande ramo da evolução dos mamíferos – apesar de parecerem completamente diferentes um do outro (e viverem de maneiras muito diferentes)”.

“As árvores moleculares os juntaram em um grupo chamado Afrotheria, assim chamado porque todos vêm do continente africano, então o grupo corresponde à biogeografia.”

O estudo descobriu que a – quando uma característica evolui SEPARADAMENTE em dois grupos de organismos GENETICAMENTE NÃO RELACIONADOS – é MUITO MAIS COMUM do que os biólogos pensavam anteriormente.

O professor Wills diz que “já temos muitos exemplos famosos de evolução convergente, como o voo evoluindo separadamente em pássaros, morcegos e insetos, ou olhos de câmeras complexas evoluindo separadamente em lulas e humanos”.

“Mas agora, com dados moleculares, podemos ver que a evolução convergente acontece o tempo todo – coisas que pensávamos estar intimamente relacionadas muitas vezes acabam ficando distantes na árvore da vida.”

“As pessoas que ganham a vida como sósias geralmente não são relacionadas à celebridade que estão representando, e os indivíduos de uma família nem sempre são semelhantes – é o mesmo com as árvores evolutivas também.”

“Isso prova que a evolução continua reinventando as coisas, apresentando uma solução semelhante cada vez que o problema é encontrado em um ramo diferente da árvore evolutiva”.

“Isso significa que a evolução convergente tem nos enganado – mesmo os biólogos e anatomistas evolucionários mais inteligentespor mais de 100 anos.”

Dr. Jack Oyston, pesquisador associado e primeiro autor do artigo, diz que “a ideia de que a biogeografia pode refletir a foi uma grande parte do que levou Darwin a desenvolver sua teoria da evolução através da , então é bastante surpreendente que isso não tenha sido considerado diretamente como uma forma de testar a precisão das árvores evolutivas dessa maneira até agora”.

“O mais empolgante é que encontramos fortes provas estatísticas de que as árvores moleculares se encaixam melhor não apenas em grupos como Afrotheria, mas também na árvore da vida em pássaros, répteis, insetos e plantas”.

“Sendo um padrão tão difundido, torna-se muito mais potencialmente útil como um teste geral de diferentes árvores evolutivas, mas também mostra o quão difundida a convergente tem sido quando se trata de nos enganar”.

[Ênfase adicionada]


Mais informações:

Jack W. Oyston et al, Molecular phylogenies map to biogeography better than morphological ones, Communications Biology (2022). DOI: 10.1038/s42003-022-03482-x

Informações do jornal:

Communications Biology

Cientistas Da NYU Confundem Seleção Artificial Com Darwinismo

Por Evolution News | DiscoveryCSC
7 de janeiro de 2022, 6h14

É cansativo continuar corrigindo o mau uso dos termos pelos evolucionistas. A seleção artificial é o oposto da seleção natural. Não se deve confundir os dois. A diferença deveria ser evidente, mas de alguma forma não é.

Considere um artigo de quatro químicos e físicos da Universidade de Nova York, “Mutações em telhas artificiais auto-replicantes: um passo em direção à evolução darwiniana” (Zhou, Sha et al., PNAS).

Na natureza, a mutação é a primeira etapa da evolução, onde fornece a variação genética para a ação da seleção natural.

Aqui, pegamos um sistema de ladrilhos artificiais que se auto-replicam, origami de DNA, que exibem reprodução modelada. Podemos gerar uma pequena fração de mutações, introduzindo uma incompatibilidade na hibridação entre pai e filha. Podemos modificar a funcionalidade do origami para afetar a taxa de crescimento das espécies mutantes, dando-lhe menos ou mais vantagem evolutiva, e se tornar dominante em várias gerações. A introdução de mutações em um sistema artificial auto-replicante fornece novas direções para pesquisas em processos de auto-montagem.
[Ênfase adicionada.]

Este não é “um passo em direção à evolução darwiniana”. É um passo na direção oposta. Se eles realmente quisessem dar um passo em direção à evolução darwiniana, eles sairiam do laboratório e deixariam acontecer qualquer coisa. O que vai acontecer é um aumento da entropia.

▪️ O erro de interferência

Em The Mystery of Life’s Origin (veja a edição expandida, publicada em 2020 ), Thaxton, Bradley e Olsen enfatizam o erro da interferência do investigador em experimentos de origem da vida. Quando Zhou et al. digamos, “Aqui nós introduzimos vantagens de mutação e crescimento para estudar a possibilidade de uma evolução parecida com a de Darwin”, elas revelam um mal-entendido fundamental do Darwinismo. Chamar seu trabalho de “evolução de tipo darwiniana” quando eles estão puxando os cordões é uma contradição em termos.

Em uma tentativa de ser caridoso, vamos ver se eles entendem a natureza contraditória de sua afirmação em qualquer parte do jornal. O parágrafo final resume sua pesquisa:

Desenvolvemos um sistema artificial de peças de origami de DNA de duas espécies em que podemos controlar as taxas de crescimento separadamente.

Adicionando a capacidade de uma espécie de se transformar em outra, estudamos a evolução do sistema em que apenas uma espécie é semeada. Quando as taxas de crescimento são iguais, o sistema evolui para um estado estacionário de populações iguais.

Quando se tem a vantagem competitiva de um crescimento mais rápido, ele rapidamente se torna a espécie dominante, mesmo quando resulta apenas de uma mutação da espécie originalmente semeada e de crescimento exponencial.

Este é o resultado esperado e um exemplo mais elementar da evolução darwiniana, mas aqui em um sistema de auto-replicação artificial.

Infelizmente, a contradição permanece.

▪️ As simulações são inúteis?

Isso não quer dizer que os experimentos com seleção artificial não tenham valor educacional. Esses experimentos, como a simulação de computador Avida (discutida aqui e aqui ), serviram a um propósito ao mostrar os limites da aleatoriedade. Podem ser apontados casos de interferência do investigador, para falsificar afirmações impetuosas de que uma simulação mal concebida representa uma evolução “semelhante a darwiniana”. De fato, alguns defensores do design criaram suas próprias simulações de computador para ilustrar as limitações do mecanismo de mutação / seleção quando parâmetros mais realistas são especificados.

Algoritmos evolutivos também podem levar a resultados científicos com valor prático. Zhou et al. especulam sobre o que outras pesquisas com seus “blocos de DNA” em evolução podem trazer:

Ele abre a porta para o uso de sistemas, dispositivos e materiais feitos pelo homem que evoluem para ter as propriedades desejadas.

Em um determinado ambiente, as mutações permitem a criação de um conjunto de espécies e a evolução escolhe as espécies que mais crescem naquele ambiente, imitando a natureza, mas com construções artificiais.

Se algo útil sair desses experimentos, muito bem – mas não será por causa do darwinismo. Quem faz os “sistemas, dispositivos e materiais” que evoluem? Quem decide o que são “propriedades desejadas”? Quem define as “construções artificiais” que geram produtos potencialmente úteis? Claramente, designers humanos estão fazendo tudo isso.

Eles definem a taxa de mutação e monitoram os resultados para escolher vencedores e perdedores. A evolução não “escolhe a espécie” que cresce mais rápido; os designers fazem isso decidindo com antecedência quais serão as propriedades desejadas e ajustando as configurações para obter o rendimento mais alto.

Empregar o acaso como ferramenta não anula o DI. Na maioria dos jogos de cartas, o baralho é embaralhado primeiro. Os jogadores não sabem que cartas vão aparecer em suas mãos, mas conhecem as regras do jogo e aprendem estratégias para vencer. Em um processo de seleção artificial que faz uso de variações aleatórias, o darwinismo para quando uma mente inteligente interfere e faz a seleção.

Aqui, relatamos o estudo da mutação e evolução de um sistema de auto-replicação artificial de jangadas de dímero de origami de DNA. Isso representa um primeiro passo em direção ao uso de tais mutações em direção à evolução direcionada de um sistema artificial e ilustra alguns dos princípios básicos da seleção natural.

Nós concebemos duas espécies auto-replicantes AB e CD, que partilham o mesmo procedimento de replicação, mas com uma controlável taxa de crescimento ….

▪️ Valor duvidoso

Quando os autores começaram e terminaram com premissas erradas, quaisquer conclusões serão duvidosas. Veja como eles projetaram as espécies auto-replicantes. Veja como eles direcionaram a evolução.

Veja como eles chamam de sistema artificial. Eles definem os procedimentos. Eles controlaram os parâmetros. Com base em que eles podem dizer que seu trabalho “ilustra alguns dos princípios básicos da seleção natural”? Não há nada de natural nisso. Eles foram os seletores do início ao fim. Na verdade, eles admitem que a aleatoriedade pura levaria à catástrofe do erro sem a interferência contínua do investigador.

A mutação e o domínio da população pelas espécies mais aptas equivaleriam à seleção natural neste sistema artificial. [???]

Visando usar este processo para evolução direcionada e o fato de que uma alta taxa de mutação leva a uma catástrofe de Eigen, ou uma espécie não persiste por tempo suficiente para tirar vantagem de sua vantagem evolutiva, mantivemos a mutação numa taxa baixa, embora ainda não tão baixa quanto nos sistemas vivos.

No caso presente, uma taxa de mutação baixa é particularmente importante, pois as mutações direta e reversa estão igualmente limitando a proporção final das espécies com alta e baixa vantagem de crescimento.

É preciso rir de frases como “seleção natural neste sistema artificial” e intervenções como definir uma taxa de mutação baixa para evitar a catástrofe de Eigen.

Se você está controlando as mutações e selecionando os resultados, não está praticando o darwinismo. Críticas como essa têm sido feitas contra os discípulos de Darwin por mais de um século, mas elas caem em ouvidos surdos. Por que a mensagem não está chegando?

Reformulando Histórias De Darwin Em Modelos De Engenharia

Por Evolution News | DiscoveryCSC
2 de julho de 2021, 6h14

Nem toda mudança é “evolução” no sentido darwiniano. Darwin teorizou que toda mudança era o resultado de variações não guiadas de alguma forma “selecionadas” pelo ambiente para o sucesso reprodutivo e sobrevivência. Mas e se os organismos fossem projetados para sobreviver em ambientes mutáveis? E se um projetista tivesse a visão de instalar mecanismos no código genético que se ativariam em circunstâncias estressantes? Os peixes esgana-gata oferecem uma oportunidade de testar essas alternativas.

O esgana-gata de três espinhas tem sido o animal de estimação evolucionário de Michael Bell desde que ele se aposentou da Stony Brook University. Notícias da UC Berkeley contam como ele ficou intrigado com esses peixes de 2,5 “que nadam riachos do Alasca para desovar. Eles são sua versão dos tentilhões de Darwin, “evoluindo” em intervalos de tempo curtos o suficiente para lançar luz sobre os mecanismos de adaptação. Eles têm estado recentemente entre os ícones favoritos dos evolucionistas, demonstrando a verdade da evolução darwiniana.

Michael Bell, atualmente pesquisador associado do Museu de Paleontologia da Universidade da Califórnia na UC Berkeley, encontrou um experimento natural em 1990 no Alasca e, desde então, tem estudado as mudanças físicas que esses peixes sofrem à medida que evoluem e a base genética para estas alterações. Ele até criou seus próprios experimentos, semeando três lagos do Alasca com esgana-gatas oceânicos em 2009, 2011 e 2019, a fim de rastrear sua evolução de peixes oceânicos para peixes de lago de água doce. Este processo parece ocorrer em décadas – muito diferente da lenta evolução que Charles Darwin imaginou – fornecendo aos cientistas uma oportunidade única de realmente observar a adaptação dos vertebrados na natureza. [Ênfase adicionada.]

Escritores do Evolution News comentaram sobre a “evolução” do esgana-gata por anos, argumentando que as mudanças são micro evolucionárias na melhor das hipóteses, simplesmente oscilando para frente e para trás sem ganhos líquidos de aptidão.

O evento CELS no mês passado, porém, proporcionou uma oportunidade de olhar para os dados empíricos de uma perspectiva de engenharia. Esses peixes marinhos estavam equipados com mecanismos para se adaptar quando presos em lagos de água doce, encontrando-se rodeados por diferentes condições ecológicas?

Observações intrigantes para darwinistas

Antes de analisar o artigo científico, observe que a notícia menciona algumas observações que os biólogos darwinistas deveriam achar intrigantes. Por um lado, a “evolução” foi muito rápida: em uma década ou menos, a prole dos peixes capturados havia se ajustado ao novo ambiente. Por outro lado, mudanças genéticas semelhantes foram encontradas em populações que “evoluíram” independentemente. Além disso, o código para adaptação parece estar embutido nos peixes antes que eles se adaptem.

O título do artigo em Science Advances, de Garrett A. Roberts Kingman et al., também parece curiosamente fora de sincronia com o darwinismo tradicional: “Predizendo o futuro a partir do passado: a base genômica da evolução recorrente e rápida do esgana-gatas.”

A evolução darwiniana não é não guiada e, portanto, imprevisível? Dezoito autores, além de Michael Bell, vindos de 11 instituições em 8 estados e uma da Alemanha, participaram desta tentativa heróica de documentar a evolução e elevar o peixe esgana-gata à estatura icônica dos tentilhões de Darwin. Esses pássaros, de fato, figuram com destaque no jornal. A equipe acredita que suas descobertas ajudarão a explicar o sucesso adaptativo dos tentilhões de Darwin e outras espécies que apresentam rápida adaptação a um ambiente alterado.

Formas semelhantes freqüentemente evoluem repetidamente na natureza, levantando questões de longa data sobre os mecanismos subjacentes. Aqui, usamos a evolução repetida em esgana-gatas para identificar um grande conjunto de loci genômicos que mudam recorrentemente durante a colonização de habitats de água doce por peixes marinhos.

Os mesmos loci usados repetidamente em populações existentes também mostram mudanças rápidas de frequência de alelos quando novas populações de água doce são estabelecidas experimentalmente a partir de ancestrais marinhos. Mudanças genotípicas e fenotípicas marcadas surgem dentro de 5 anos, facilitadas pela variação genética permanente e ligação entre as regiões adaptativas. Tanto a velocidade quanto a localização das mudanças podem ser previstas usando observações empíricas de recorrência em populações naturais ou características genômicas fundamentais como idade alélica, taxas de recombinação, densidade de loci divergentes e sobreposição com características mapeadas. Um modelo composto treinado nessas características de esgana-gatas também pode prever a localização dos principais loci evolutivos nos tentilhões de Darwin, sugerindo que características semelhantes são importantes para a evolução em diversos táxons.

Variações Genéticas Permanentes

Um elemento-chave do novo modelo são as Variações Genéticas Permanentes (SGV – sigla em inglês), mencionadas uma dúzia de vezes no artigo. Ao contrário das mutações de novo, que surgem aleatoriamente ao longo do tempo no neodarwinismo tradicional, variações genéticas permanentes já estão presentes dentro de uma população. Além disso, esses “alelos adaptativos antigos” podem ser ligados a outros alelos no que eles chamam de EcoPeaks que conferem sucesso adaptativo ao organismo.

Isso está começando a soar mais como uma programação interna indicativa de previsão? Talvez seja por isso que não há menção operativa da evolução darwiniana, neodarwinismo ou variação / mutação aleatória no artigo. Não é que os autores desacreditem ou desacreditem o antigo neodarwinismo. Eles apenas encontram um processo de curto prazo que é observável e previsível:

Embora a previsibilidade da evolução possa parecer estar em conflito com a imprevisibilidade da contingência histórica, a compreensão do passado pode render importantes insights sobre a evolução futura. Por exemplo, as populações de vertebrados freqüentemente abrigam grandes reservatórios de variação genética permanente (SGV) que dão às populações independentes acesso a material genético bruto semelhante para responder aos desafios ambientais, conforme observado em diversas espécies, incluindo pássaros canoros, peixes ciclídeos e o esgana-gata triospine (Gasterosteus aculeatus) SGV é freqüentemente aparente em espécies ou populações divergentes onde é pré testado por seleção natural e então distribuído por hibridização para populações relacionadas.

Assim filtrado e capaz de saltar sobre paisagens de fitness, o SGV também pode impulsionar uma evolução rápida, ajudando a enfrentar um desafio prático muito real para testar previsões evolutivas: o tempo.

Aha! Isto é rico

Eles basicamente dizem: “Não podemos assistir ao trabalho da seleção natural em tempo real, mas podemos observar as mutações que foram pré-selecionadas para aumentar os picos de aptidão.

Seja em espécies de peixes ou pássaros, os indivíduos podem simplesmente pegar emprestados os alelos pré-adaptados por hibridização e passar por tempos difíceis. Percebe? Afinal, a evolução é previsível! ”

É assim que os darwinistas dogmáticos podem ter seu bolo e comê-lo. As mutações ainda são aleatórias, mas ocorreram no passado invisível. O que temos agora são pools de genes pré-selecionados, capazes de ajudar os organismos a evoluir de forma rápida e previsível. A evolução ainda é um fato!

Os peixes esgana-gata fornecem um excelente sistema para estudos adicionais da base genômica da evolução recorrente. No final da última Era do Gelo, o esgana-gata de três pinheiros, incluindo populações anádromos que migram do oceano para ambientes de água doce para se reproduzir, colonizou e se adaptou a inúmeros ambientes de água doce recém-expostos criados na esteira do recuo das geleiras ao redor do hemisfério norte. Essa radiação adaptativa maciçamente paralela foi facilitada pela seleção natural agindo em extensos SGV antigos. Sob a hipótese do “transportador”, essas variantes são mantidas em baixas frequências nas populações marinhas por baixos níveis de fluxo gênico das populações de água doce.

A reutilização de antigas variantes permanentes permitiu a identificação de conjuntos de loci em todo o genoma que são repetidamente diferenciados entre populações de esgana-gata estabelecidas há muito tempo.

Além disso, o SGV permite que novas populações de esgana-gatas de água doce evoluam acentuadamente em décadas, incluindo mudanças fenotípicas conspícuas nas placas de blindagem e no formato do corpo.

E se, em vez disso, esses alelos adaptativos fossem projetados? Uma inteligência projetista teria a clarividência para fornecer aos organismos um kit de ferramentas para se adaptarem a ambientes alterados. Nesse caso, seria de se esperar que os organismos já possuíssem as ferramentas (variação genética permanente) ou um meio de obtê-las (hibridização). Seria de se esperar que as populações se adaptassem rápida e independentemente, não gradualmente. Consequentemente, o registro fóssil seria caracterizado por lacunas sistemáticas. Qual modelo se encaixa nas evidências?

Informações adaptativas pré-testadas

Os evolucionistas têm reclamado sobre lacunas no registro fóssil muito antes de Stephen Jay Gould falar deles como o “segredo comercial da paleontologia”. As lacunas foram explicadas por equilíbrios pontuados e outros dispositivos de resgate, argumentando que a evolução ocorreu de forma muito rápida para deixar fósseis, mas de forma muito lenta para se observar. Bem, esses 19 autores agora estão dizendo que a adaptação pode ser observada, mas o que acontece não é a seleção natural de mutações aleatórias. É o compartilhamento genético de informações adaptativas pré-testadas. É por isso que os tentilhões de Darwin se adaptam rapidamente às secas e à disponibilidade de fontes de alimento.

É por isso que os peixes esgana-gatas podem ganhar e perder armadura, dependendo da ecologia da predação. Os autores insistem que seu modelo melhora a velha teoria evolucionária:

A importância do SGV para a evolução está se tornando cada vez mais aparente, especialmente em espécies com grandes tamanhos de genoma, incluindo humanos. À primeira vista, a dependência do esgana-gata de três pinheiros do SGV para a adaptação em água doce pode parecer uma peculiaridade em termos de repetibilidade e velocidade e sua história natural particular. No entanto, ao compreender de forma mais abrangente a dinâmica deste processo altamente otimizado, extraímos características gerais da arquitetura e evolução do genoma que se traduzem com sucesso em espécies em ramos distantes da árvore da vida, demonstrando assim o tremendo poder do sistema do esgana-gata para identificar princípios unificadores que fundamentam a mudança evolutiva.

Mas se este é um “processo altamente otimizado” em torno da árvore da vida (ou, melhor, rede da vida ), como é darwiniano? O artigo diz muito pouco sobre adequação, sobrevivência e especiação – termos que costumavam ser peças centrais da teoria da evolução. A ideia de evolução progressiva também é meramente assumida, não demonstrada:

Isso sugere que regiões individuais podem crescer ao longo do tempo, com alelos originalmente baseados em uma mutação benéfica inicial acumulando mutações favoráveis adicionais ligadas, tornando-se uma bola de neve ao longo do tempo para formar um haplótipo perfeitamente ajustado com múltiplas mudanças adaptativas. Isso é consistente com o trabalho em outras espécies, identificando exemplos de evolução por meio de múltiplas mutações ligadas que, juntas, modificam a função de um gene (50-52) e implica que a melhoria alélica progressiva pode ser comum .

Seus três exemplos nas referências, no entanto, referem-se apenas aos efeitos regulatórios sobre os genes existentes – não à origem das espécies que Darwin desejava explicar.

Seu novo modelo realmente parece projetado: os organismos podem tomar emprestado o conhecimento existente fornecido a eles em uma vasta biblioteca de SGV.

Sem necessidade de desculpas

Os biólogos conhecedores da engenharia de hoje não precisam das velhas desculpas para resgatar o gradualismo do neodarwinismo, que contradiz as evidências fósseis.

Os alelos adaptativos podem ser vistos não como um conjunto aleatório de erros aleatórios pré-filtrados que simplesmente funcionam. Eles são conjuntos de ferramentas para sobreviver em um mundo dinâmico.

Este novo artigo, que não fornece nenhuma evidência de aleatoriedade ou gradualismo, propõe uma estratégia de rede distribuída que parece um bom design. Assim como cada carro não precisa carregar todas as ferramentas se puder ser obtido em um depósito, cada organismo não precisa carregar todos os alelos adaptativos possíveis se puder obter o que precisa na biblioteca da população.

Essa é uma estratégia de design que biólogos com conhecimento de engenharia podem desejar desenvolver, usando este artigo ( sans seus pressupostos neodarwinistas) como evidência.

O genoma da girafa não é evolucionário

Evolution News |


7 de maio de 2021




Qual estudante de biologia não foi testado nas explicações de Lamarck vs. Darwin para a girafa? É uma das histórias obrigatórias sobre evolução nos livros didáticos. Lamarck pensava que os pescoços ficavam mais longos à medida que as girafas se esticavam para chegar ao topo das árvores e seus descendentes herdavam essas características adquiridas. Os alunos ouvem sobre problemas com essa visão (geralmente com histórias auxiliares sobre os experimentos de Weismann decepando as caudas de gerações de ratos). Então, o mecanismo de Darwin – a seleção natural – é apresentado como o vencedor. 

Em geral, os parabéns por Darwin ser um dos pensadores mais originais da história da ciência. 
(O que os alunos não sabem é que Darwin se tornou mais lamarckiano nas revisões posteriores da Origem devido às crescentes críticas à seleção natural.)

Mas e se ambas as visões estiverem equivocadas? E se a explicação real não for evolucionária? Lamarck e Darwin presumiram que a girafa evoluiu de uma pré-girafa com pescoço curto. Essa suposição é necessária? Só parece necessária se começarmos com a suposição de ancestralidade comum universal por processos naturais não guiados. 

Alguns *outliers (*individuos isolados), como estruturalistas ou teístas evolucionistas, podem questionar essa afirmação, mas a maioria dos biólogos evolucionistas não tolera qualquer orientação ou direção para o processo evolutivo (ouça JP Moreland explicando isso em ID the Future [áudio em inglês]). A planta corporal da girafa, com todas as suas características únicas, nunca foi um objetivo no darwinismo ou no lamarckismo. As coisas simplesmente aconteceram dessa maneira.

O gene da girafa


Um novo genoma completo da girafa está começando a lançar luz sobre qual visão tem mais suporte empírico. Publicado por Chang Liu et al. em Science Advances (acesso aberto), dá aos biólogos uma nova perspectiva no discernimento de ligações entre genótipo e fenótipo para este animal icônico único. 

O conjunto de adaptações associadas à extrema estatura da girafa há muito interessa a biólogos e fisiologistas. Ao gerar um genoma de girafa em nível de cromossomo de alta qualidade e uma comparação abrangente com outros genomas de ruminantes, identificamos um catálogo robusto de mutações específicas de girafa. Eles estão principalmente relacionados às funções cardiovasculares, crescimento ósseo, visão, audição e funções circadianas. [Ênfase adicionada.]

A maioria dos resumos do artigo, incluindo os da revista Science e The Scientist, não leva em conta o pescoço longo – a própria característica que mais interessou aos primeiros evolucionistas. Em vez disso, eles se concentram em um gene específico denominado FGFRL1. Em humanos e camundongos, esse gene está associado à resistência óssea e à pressão arterial. 

A equipe decidiu verificar o que acontece quando a versão girafa do gene, que possui sete diferenças do gene de outros mamíferos, é inserida em embriões de camundongo. Os ratos não desenvolveram pescoços longos, mas desenvolveram ossos mais compactos e densos. Mais importante ainda, eles também sobreviveram a uma droga que aumenta a pressão arterial. A pressão sanguínea da girafa é o dobro da dos humanos. 

Parece, portanto, que as girafas têm uma versão do FGFRL1 que as protege dos danos esperados aos tecidos e órgãos da pressão arterial alta o suficiente para bombear o sangue até suas cabeças de 5 metros de altura. Por que esse gene também está associado ao crescimento ósseo? 

Essas descobertas fornecem insights sobre os modos básicos de evolução. Os efeitos duplos do gene FGFRL1 fortemente selecionado são compatíveis com o fenômeno de que um gene pode afetar vários aspectos diferentes do fenótipo, a chamada pleiotropia evolutiva. A pleiotropia é particularmente relevante para explicar mudanças fenotípicas incomumente grandes, porque tais mudanças freqüentemente requerem que um conjunto de características seja alterado dentro de um curto tempo evolutivo. Portanto, a pleiotropia poderia fornecer uma solução para o enigma de como a evolução poderia alcançar as muitas mudanças co-dependentes necessárias para formar um animal tão extremo quanto uma girafa.

Algumas outras coisas interessantes foram encontradas no genoma: genes relacionados a ritmos circadianos que podem explicar por que as girafas sobrevivem com pouco sono (já que se levantar do chão é um “procedimento demorado e estranho”), por que seus genes olfativos são reduzidos ( “provavelmente relacionado a uma presença radicalmente diluída de odores a 5m em comparação com o nível do solo”), e por que sua visão é tão nítida (considerada uma troca evolutiva por menos confiança no sentido do olfato). 

Os traços mais óbvios da girafa – pescoço longo, pernas longas, padrões de pelos e tudo mais – não foram abordados no jornal. Os autores admitem que “são necessárias mais pesquisas sobre as consequências funcionais das variantes genéticas específicas das girafas”.

Pleiotropia da sorte


Se a pleiotropia é a explicação para a girafa, que mutação feliz no FGFRL1 deve ter ocorrido! Não apenas protegeu a girafa da pressão alta, como também ativou algum outro gene que criou ossos mais densos e de crescimento mais rápido de que a girafa precisa para atingir sua altura máxima sem quebrar o pescoço no processo. Os autores concluem:

No geral, esses resultados mostram que a pleiotropia é um mecanismo plausível para contribuir para o conjunto de co-adaptações necessárias na evolução da alta estatura da girafa.

Já que a pleiotropia parece uma boa explicação para isso, por que não invocá-la em todo o animal? Pense em como isso reduziria o número de mutações sortudas. A evolução poderia fazer mais em menos tempo ganhando a *bola vermelha (*uma referencia à loteria). Uma mutação pode criar os padrões de pelos, colocados no cérebro esponjoso que evita uma hemorragia quando a girafa se inclina para beber, reorganizar os vasos sanguíneos e os nervos e fazer uma dúzia de outras coisas que, de outra forma, exigiriam mutações aleatórias separadas. 

Obviamente, isso fica bobo. Se a girafa evoluiu para seu status atual gradualmente, ela teria que ganhar várias bolas vermelhas para manter suas características em sincronia conforme elas mudam. 


O mau hábito “evolucionário”


Ao longo desses artigos, é possível ver os escritores inserindo o adjetivo “evolucionário” diante de tudo. 

  • “Um geneticista evolucionista na Universidade de Copenhagen” – por que não apenas um geneticista?
  • “As girafas são uma criança-propaganda para as esquisitices evolucionárias” – por que não apenas as esquisitices?
  • “Vários traços fenotípicos que compartilham restrições evolutivas” – por que não apenas restrições, como nas especificações de engenharia?
  • “Essa [redução na sensibilidade olfativa] pode ser uma consequência evolutiva da visão aprimorada” – por que não apenas uma consequência, como em uma compensação projetada para várias especificações concorrentes?
  • “Adaptações evolutivas” – por que não apenas adaptações, ou características únicas adequadas ao nicho ecológico da girafa?
  • “Pleiotropia evolutiva” – por que não apenas pleiotropia?
  • “Um conjunto de características são alteradas em um curto tempo evolutivo” – por que não um conjunto de características que funcionam juntas?


Os datilógrafos poderiam evitar a síndrome do túnel do carpo eliminando essa palavra desnecessária em artigos científicos e notícias. Parece que os biólogos “evolucionistas”, que deveriam se chamar apenas biólogos, querem empurrar uma narrativa de que tudo no mundo vivo deve homenagear Darwin. A repetição da palavra martela na cabeça das pessoas. Tudo na natureza, eles são ensinados com essa tática de propaganda, é parte de um quadro fantasmagórico fluido onde cada criatura veio de alguma outra criatura e está se tornando outra coisa. 

Na verdade, o que importa é entender o design da girafa: como seus genes produzem as características e como as características a tornam bem-sucedida em seu ambiente. 
Isso deve ser suficiente para o entendimento científico. 

A narrativa “evolucionária” reflete uma predileção filosófica. Visto que a preferência de visão de mundo de uma pessoa não está relacionada ao conteúdo empírico da pesquisa científica, ela deve ser declarada antecipadamente para divulgação completa. Isso não tornaria os leitores mais astutos!

Malabarismo com termos para manter a ilusão de seleção darwiniana

Por Evolution News

A natureza não dá saltos

Por Cornelius Hunter | DarwinsPredictions

A evolução é um processo. Ocorre gradualmente por meio de variações dentro das populações. O ritmo pode variar, mas “o cânone de ‘Natura non facit saltum‘”, como Darwin explicou, era “inteligível nessa teoria”. Mas hoje isso não é mais verdade. O primeiro problema, que as espécies apareceram abruptamente nos estratos, pode ser explicado como um registro fóssil irregular, embora trechos incríveis de progresso evolutivo devam ter desaparecido.

Mas o registro fóssil não é a única evidência de saltos. Desde Darwin, mudanças rápidas foram observadas diretamente em espécies que variam de bactérias e leveduras a plantas e animais. Considere os tentilhões domésticos que começaram a se espalhar pelos Estados Unidos na década de 1940, vindos do México e do sudoeste. Os bicos dessas aves adaptaram-se aos novos ambientes com grande velocidade. Em mais ou menos uma década, seus bicos se ajustaram aos novos habitats. (Grant) Em outro exemplo, os lagartos de parede italianos introduzidos em uma pequena ilha na costa da Croácia responderam rapidamente, desenvolvendo uma nova morfologia da cabeça e estrutura do trato digestivo. (Herrel, et. Al. ) Tal mudança “normalmente levaria milhões de anos para acontecer…” (Johnson) Da mesma forma, mexilhões introduzidos em um novo ambiente evoluíram “em um nanossegundo evolutivo em comparação com os milhares de anos anteriormente assumidos. (Os mexilhões evoluem rapidamente para se defenderem contra caranguejos invasores) Esses exemplos de adaptação não são novos, e um evolucionista concluiu que “a evolução pode ocorrer muito mais rapidamente do que pensávamos anteriormente. A evolução rápida é generalizada e a lista de exemplos está crescendo. (A evolução rápida ajuda os caçados a superar seus predadores)

Tudo isso significa que a evolução pode precisar de um novo mecanismo de mudança. Na verdade, parece duvidoso que pequenas variações biológicas levem a mudanças em grande escala. Como disse um evolucionista, a macroevolução é mais do que rodadas repetidas de microevolução. (Irwin) Cada vez mais os evolucionistas têm reconhecido a necessidade de um novo mecanismo para explicar a mudança evolutiva. (Gould, 579, 582) Nos últimos anos, os evolucionistas consideraram precisamente o que Darwin descartou: a evolução saltacional. aqui estão alguns exemplos:

À medida que a natureza salta, o gradualismo exclusivo é descartado. A evolução saltatória é um fenômeno natural, proporcionado por um colapso repentino dos limiares que resistem à evolução. O registro fóssil e o sistema taxonômico requerem uma interpretação macromutacional. (van Waesberghe)

Oferecemos evidências de três instâncias independentes de evolução saltacional em um gênero de mariposa encantadora com apenas oito espécies. … Cada espécie saltacional exibe um exemplo distinto e marcadamente diferente de evolução de característica descontínua. (Rubinoff e Le Roux)

As principais transições na evolução biológica mostram o mesmo padrão de emergência repentina de diversas formas em um novo nível de complexidade. As relações entre os grupos principais dentro de uma nova classe emergente de entidades biológicas são difíceis de decifrar e não parecem se encaixar no padrão de árvore que, seguindo a proposta original de Darwin, continua sendo a descrição dominante da evolução biológica. Os casos em questão incluem a origem de moléculas complexas de RNA e dobras de proteínas; principais grupos de vírus; archaea e bactérias, e as linhagens principais dentro de cada um desses domínios procarióticos; supergrupos eucarióticos; e filos animais. Em cada um desses nexos essenciais na história da vida, os principais “tipos” parecem aparecer rápida e totalmente equipados com os traços característicos do respectivo novo nível de organização biológica. Não são detectáveis “graus” intermediários ou formas intermediárias entre tipos diferentes. (Koonin)

Aqui fornecemos, pela primeira vez, evidências de grande saltação fenotípica na evolução do número do segmento em uma linhagem de centopéias. (Minelli, Chagas-Júnior e Edgecombe)


Títulos de artigos de pesquisa, que incluem frases como “adeus ao darwinismo, neo e outros“, “quando natura non facit saltum se tornar um mito“, “Evolução saltacional: monstros esperançosos estão aqui para ficar” e “uma Neo-Goldschmidtian visão de monstros esperançosos unicelulares”, destacam esta falsificação da previsão da evolução de que não há saltos.


Referências
Gould, Steven Jay. 2002. The Structure of Evolutionary Theory. Cambridge: Belknap Press.

Grant, B. 2010. “Should Evolutionary Theory Evolve?.” TheScientist January 1.

Herrel, A., et. al. 2008. “Rapid large scale evolutionary divergence in morphology and performance associated with the exploitation of a novel dietary resource in the lizard Podarcis sicula.” Proceedings of the National Academy of Sciences 105:4792-4795.

Irwin, D. 2000. “Macroevolution is more than repeated rounds of microevolution.” Evolution & Development 2:61-62.

Johnson, K. 2008. “Lizards rapidly evolve after introduction to island.” National Geographic News April 21.

Koonin, E. 2007. “The Biological Big Bang model for the major transitions in evolution.” Biology Direct 2:21.

Minelli, A., A. Chagas-Júnior, G. Edgecombe. 2009. “Saltational evolution of trunk segment number in centipedes.” Evolution & Development 11:318-322.

“Mussels evolve quickly to defend against invasive crabs.” 2006. ScienceDaily August 11. http://www.sciencedaily.com/releases/2006/08/060811091251.htm

“Rapid Evolution Helps Hunted Outwit Their Predators.” 2003. NewsWise July 16.
http://www.newswise.com/articles/view/?id=500152&sc=wire

Rubinoff, D., J. Le Roux. 2008. “Evidence of repeated and independent saltational evolution in a peculiar genus of sphinx moths (Proserpinus: Sphingidae).” PLoS One 3:e4035.

van Waesberghe, H. 1982. “Towards an alternative evolution model.” Acta Biotheoretica 31:3-28.

Descoberta do dobramento de proteínas: evolução ou design?

Por Evolution News | @DiscoveryCSC

16 de dezembro de 2020, 6h13

Se os engenheiros americanos construíram uma nave espacial com hiperpropulsor e um país estrangeiro conseguiu fazer a engenharia reversa e descobrir como funciona, quem deve receber o crédito? Qual é a maior conquista: fazer engenharia reversa de uma nave futurista ou projetar uma do zero?

DeepMind é líder em inteligência artificial (IA). Seus gênios conseguiram vencer os humanos com o popular nome Go usando seu algoritmo AlphaGo. Seus sistemas de IA agora alcançaram 90 por cento de sucesso em prever como uma proteína se dobrará. Uma postagem no blog da DeepMind  explica por que isso é tão importante:

Em seu discurso de aceitação do Prêmio Nobel de Química de 1972, Christian Anfinsen postulou que, em teoria, a sequência de aminoácidos de uma proteína deveria determinar totalmente sua estrutura. Esta hipótese desencadeou uma busca de cinco décadas para ser capaz de prever computacionalmente a estrutura 3D de uma proteína com base apenas em sua sequência de aminoácidos 1D como uma alternativa complementar a esses métodos experimentais caros e demorados. Um grande desafio, no entanto, é que o número de maneiras que uma proteína poderia teoricamente dobrar antes de se estabelecer em sua estrutura 3D final é astronômico. Em 1969 Cyrus Levinthal observou que levaria mais tempo do que a idade do universo conhecido para enumerar todas as configurações possíveis de uma proteína típica por cálculo de força bruta – Levinthal estimou 10 ^ 300 conformações possíveis para uma proteína típica. Ainda assim, na natureza, as proteínas se dobram espontaneamente, algumas em milissegundos – uma dicotomia às vezes chamada de paradoxo de Levinthal. [Enfase adicionada.]

Simples por comparação 

A engenharia reversa de um hiperdrive parece simples em comparação. Em 1994, um professor iniciou um concurso para especialistas em IA chamado CASP: Avaliação crítica da previsão da estrutura [proteína]. A cada dois anos, os competidores tentam prever a dobra de uma proteína apenas a partir de sua sequência de aminoácidos, sem saber a dobra com antecedência. Até agora, as pontuações alcançaram 20 a 40 no Teste de Distância Global (GDT), uma medida da distância entre as posições de aminoácidos previstas  versus  as posições biológicas reais. DeepMind alcançou uma pontuação média de 60 com AlphaFold em 2018. Eles aumentaram enormemente este ano para 92,4. A entrada do blog retrata a proximidade da dobra prevista com a dobra real em dois casos. Eles parecem se sobrepor muito.

Este trabalho computacional representa um avanço impressionante no problema do dobramento de proteínas, um grande desafio da biologia há 50 anos. Tem ocorrido décadas antes que muitas pessoas no campo teria previsto. Será emocionante ver as muitas maneiras pelas quais mudará fundamentalmente a pesquisa biológica.

Alcançar esse sucesso inspirou-se na biologia, física e aprendizado de máquina, junto com os principais especialistas em estrutura de proteínas. A equipe construiu uma rede neural para abordar o desafio, resolvendo pequenos grupos de aminoácidos e usando métodos de aprendizado profundo para explorar como eles podem se unir. Mesmo assim, o concurso CASP usa proteínas relativamente simples chamadas domínios. AlphaFold tem mais dificuldade em descobrir proteínas que interagem. Nature News diz,

A rede também luta para modelar estruturas individuais em complexos de proteínas, ou grupos, por meio dos quais as interações com outras proteínas distorcem suas formas.

No entanto, o sucesso representa “um salto gigantesco” que “mudará tudo”, escreve Ewen Callaway. De que maneiras? John Moult, um professor da Universidade de Maryland que co-fundou o CASP, explica em The Scientist,

“ Isso vai mudar a medicina. Isso mudará a pesquisa. Isso mudará a bioengenharia. Ela vai mudar tudo “, Andrei Lupas, biólogo evolucionista no Instituto Max Planck de Biologia do Desenvolvimento na Alemanha, que ajudou a julgar o concurso, diz  Nature, acrescentando que AlphaFold levou apenas 30 minutos para produzir a estrutura de uma proteína seu laboratório tinha tentado descobrir por 10 anos. 

Escrevendo na  Science  Magazine, Robert F. Service acrescenta:

Conhecer essas formas ajuda os pesquisadores a  desenvolver drogas  que podem se alojar nas fendas das proteínas. E ser capaz de sintetizar proteínas com a estrutura desejada pode acelerar o desenvolvimento de enzimas para fazer biocombustíveis e degradar resíduos plásticos.

Não esqueçamos

Esta é uma ótima notícia e muito bem aplaudida. Mas precisamos lembrar que esse problema de dobramento que tem confundido os humanos por 50 anos é resolvido rapidamente nas células vivas a cada momento. Levinthal observou que as proteínas rotineiramente “dobram-se espontaneamente, algumas em milissegundos” dentro da célula. Algumas precisam da ajuda de acompanhantes para encontrar sua dobra nativa, mas muitas vão diretamente da sequência de aminoácidos 1D para a proteína funcional 3D. 

Isso não é tudo. A célula também possui enzimas de reparo que podem desmantelar proteínas mal dobradas e fixá-las ou substituí-las se forem irreparáveis. Em nossa analogia com a nave espacial hiperdrive, é como ter robôs capazes de detectar componentes com falha, retirá-los, corrigi-los e inseri-los novamente. Como uma célula sem olhos e cérebros faz isso? Pense na sofisticação dos algoritmos capazes de realizar essas operações!

O conceito de Pesquisa tem grande influência na teoria do design inteligente. Se o problema de pesquisa for complicado o suficiente, o sucesso requer informações adicionais além do que a pesquisa cega pode alcançar no tempo disponível. Encontrar um átomo marcado em uma galáxia, por exemplo, levaria muito mais tempo do que a idade do universo para se obter sucesso. William Dembski provou em seu livro No Free Lunch que nenhum algoritmo evolucionário é superior à pesquisa cega, a menos que informações auxiliares sejam fornecidas. O problema, porém, é que o pesquisador precisa pesquisar todas as fontes possíveis de informações auxiliares para saber qual delas é a correta. Dembski comparou isso a encontrar um tesouro enterrado cavando aleatoriamente em uma ilha. Esse tipo de busca cega dificilmente terá sucesso se a ilha for grande o suficiente. Se o pesquisador receber um mapa, ele poderá ir diretamente ao local com essa informação auxiliar. Tudo muito bem, como no filme É um mundo louco, louco, louco, onde as informações fornecidas foram precisas por alguém que conhecia. 

A ausência de previsão

Algoritmos evolucionários, porém, sem previsão, podem gerar um bilhão de mapas do tesouro, dos quais apenas um pode estar correto. O problema de busca então muda para encontrar o mapa correto entre bilhões de mapas do tesouro. Se um livro na estante informa qual mapa é o correto (mais informações auxiliares), como o pesquisador sabe? O pesquisador teria que verificar um bilhão de livros oferecendo respostas aleatórias com essas informações, das quais apenas uma poderia estar correta. Cada peça adicionada de informação auxiliar deve ser verificada por outra pesquisa. É por isso que nenhum algoritmo evolucionário é superior à pesquisa cega. A única maneira de chegar rapidamente ao tesouro enterrado é confiar em uma fonte que conhece e testar as informações cavando lá. Essa informação deve vir basicamente de uma mente – alguém que sabe a resposta certa.

Voltando ao problema do enovelamento de proteínas, vimos que o espaço de busca por dobras de proteínas é vasto além da compreensão, como uma ilha do tamanho do universo. Observando as células rotineiramente dobrando as proteínas com rapidez e precisão, pode-se concluir, portanto, que uma mente estava por trás da informação. Essa conclusão é certificada ao observar especialistas em IA usando suas mentes para fazer engenharia reversa de dobras de proteínas. AI nao está inventando sequências que se dobrarão; ele está tentando descobrir como uma determinada sequência produzirá uma dobra funcional observada. Inventar uma dobra de novo é o problema mais difícil (Stephen Meyer discute as dobras funcionais em  Signature in the Cell, pp. 99ff.)

E a evolução?

A evolução entra na história? Alguns dos trabalhadores do concurso CASP são biólogos evolucionistas. Pensando que algumas proteínas evoluíram para outras proteínas por meio de mutação e seleção natural, eles acreditam que proteínas semelhantes são conectadas por ancestrais comuns. Essa crença, eles acham, pode permitir que “desenvolvam” novas proteínas com dobras semelhantes. Callaway diz: “Algumas aplicações, como a análise evolutiva de proteínas, estão definidas para florescer porque o tsunami de dados genômicos disponíveis agora pode ser traduzido de forma confiável em estruturas”. Isso, porém, é design inteligente; não evolução darwiniana, tire a palavra “evolucionário” de “análise evolucionária”, caso contrário, é um oxímoro. Existem limites para a quantidade de variação que uma dobra pode suportar e preservar a função. (Douglas Axe discute esses limites em Inegável, p. 80ff e 180-182. Veja a cobertura do  Evolution News  aqui e aqui  sobre abordagens evolucionárias simplistas para resolver o problema de dobra e por que eles erram o alvo.)

Se o algoritmo AlphaFold da DeepMind for bem-sucedido no projeto de novas enzimas, será por meio de projeto inteligente, não de pesquisa cega. Ele se baseará nas informações das proteínas funcionais, estendendo esse conhecimento por design. Os processos evolutivos materialistas não têm essa previsão.

Em suma, a conquista da DeepMind é louvável, mas o verdadeiro prêmio vai para o designer de sistemas de proteínas: sua codificação no DNA, sua tradução no ribossomo, seu dobramento espontâneo (às vezes auxiliado por um acompanhante), suas funções, suas interações e seus mecanismos de reparo. Todos eles obtêm pontuações perfeitas quando não são prejudicados por mutações aleatórias que degradam as informações. A IA nem mesmo começou a imitar essas capacidades. Quaisquer pontuações mais altas por meio de IA no futuro serão obtidas por design inteligente, não por evolução. A notícia apenas ressalta o conhecimento superior embutido na base molecular da vida.

Perdendo O Ponto: Os Códigos Não São Produtos Da Física

Por Evolution News | @DiscoveryCSC

2 de dezembro de 2020
design inteligente

Esquemas elaborados para explicar a origem do código genético a partir das leis da física e da química perdem todo o ponto sobre os códigos: a origem da informação. Livros do design inteligente tornam isso bastante claro, como em  Signature in the Cell,  de Stephen Meyer, e  The Mystery of Life’s Origin: The Continuing Controversy (reimpressão expandida), de Thaxton, Bradley e Olsen e autores colaboradores. Intencionalmente ou não, os pesquisadores da origem da vida continuam a ignorar o ponto principal sobre os códigos: um código é uma mensagem, e uma mensagem pressupõe uma mente. Por outro lado, se um processo material pode explicar a disposição dos blocos de construção em uma sequência, não é um código. 

Os códigos podem fazer uso de blocos de construção materiais, como letras em uma página impressa ou pulsos de rádio através do espaço, mas a essência de um código é a informação que ele transmite. A essência de uma mensagem é o significado pretendido pelo mensageiro. O significado pode ser ao vivo ou programado. Em ambos os casos, um código transmite a previsão de uma mente com a intenção de se comunicar.

Com toda a insistência sobre esse aspecto fundamental dos códigos por cientistas do DI nos últimos 36 anos (e mais), é triste ver outros cientistas continuando a insistir na falácia de que códigos podem surgir de processos irracionais. Se isso fosse verdade, seria o equivalente a um milagre. Se outros querem descartar os “milagres” que eles acham que o design inteligente requer, o que os defensores do design deveriam dizer sobre os milagres do acaso dos evolucionistas? Se outros desejam limitar seu kit de ferramentas explicativas às “leis naturais”, o que dizer das leis da probabilidade?

Caso 1: Códigos da Termodinâmica

Nas  Revisões Trimestrais de Biofísica, Klump, Völker e Breslauer tentam argumentar que o código de DNA existente foi naturalmente selecionado como o mais ideal para estabilidade energética. Que seleção natural é o significado pretendido fica claro a partir do título: “Mapeamento de energia do código genético e domínios genômicos: implicações para a evolução do código e darwinismo molecular.” Em outras palavras, eles propõem que a seleção natural se estende até a vida pré-biótica, apesar do entendimento comum de que a replicação precisa é um pré-requisito para a seleção natural. Nesse caso, as leis da termodinâmica fazem a seleção. Isso fica claro no título de uma notícia da  Rutgers University, “A Evolução do Código Genético e a Teoria da Evolução de Darwin Devem Considerar o DNA um ‘Código de Energia’ – o fenômeno ‘Sobrevivência do mais apto’ é apenas parte da equação de evolução”. Mas como o significado (semântica) emerge em um “código de energia” criado pelo “darwinismo molecular”? A hipótese deles ignora totalmente esse requisito.

“As origens da evolução do código genético do DNA e a evolução de todas as espécies vivas estão  embutidas nos diferentes perfis de energia de seus projetos de DNA molecular. Sob a  influência das leis da termodinâmica, este código de energia evoluiu, de um número astronômico de possibilidades alternativas, para um código quase singular em todas as espécies vivas.”

Os cientistas investigaram esse chamado “enigma universal”, investigando as origens da observação surpreendente de que o código genético evoluiu para um projeto quase uniforme que surgiu de trilhões de possibilidades.

Os cientistas expandiram as bases do  marco da teoria evolucionária darwiniana de “sobrevivência do mais apto” para incluir o “darwinismo molecular”. A teoria revolucionária de Darwin é baseada na persistência geracional das características físicas de uma espécie que permitem que ela sobreviva em um determinado ambiente por meio da “seleção natural”. O darwinismo molecular se refere a características físicas que persistem através das gerações porque as regiões do DNA molecular que codificam essas características são  excepcionalmente estáveis. [Enfase adicionada.]

O argumento deles é semelhante à hipótese do multiverso: dentre “trilhões de possibilidades”, um universo foi selecionado naturalmente com condições que permitiam vida complexa – e aqui estamos nós! Na história do “darwinismo molecular”, as leis da termodinâmica “selecionaram” arranjos de blocos de construção de DNA que eram estáveis, e pronto! Informações funcionais! É por isso que todas as formas de vida o usam! (Observe o non-sequitur.)

O pessoal da Rutgers não menciona  informações e apenas mencionam a  função  de uma forma posterior, sugerindo que o “darwinismo molecular” pode  permitir  ou  favorecer  funções biológicas.

Diferentes regiões de DNA podem exibir assinaturas diferenciais de energia  que podem favorecer estruturas físicas  em organismos que  permitem funções biológicas específicas, disse Breslauer.

A seguinte citação do artigo deve ser lida para ser apreciada como um exemplo clássico de *gobbledygook acadêmico [ *linguagem sem sentido ou ininteligível pelo uso excessivo de termos técnicos obscuros;  Absurdo.]. Em suma, eles derivam o código genético da segunda lei da termodinâmica, a mesma lei que degrada a informação!

Quando o icônico código genético do DNA é expresso em termos de diferenciais de energia, observa-se que a  informação embutida nas sequências químicas, incluindo alguns resultados biológicos, se correlaciona com perfis de energia livre distintos. Especificamente, encontramos correlações entre o uso do códon e a energia livre do códon, o que sugere uma seleção termodinâmica para o uso do códon. Também encontramos correlações entre o que são considerados aminoácidos antigos e altos valores de energia livre de códons. Tais correlações podem ser reflexivas do  código genético baseado em sequência mapeando fundamentalmente como um código de energia. Em  tal perspectiva, pode-se imaginar  o código genético como composto de  ciclos termodinâmicos interligados que permitem que os códons “evoluam” uns dos outros por meio de uma série de transições e transversões sequenciais, que são influenciadas por uma paisagem de energia modulada por fatores termodinâmicos e cinéticos. Como tal, a evolução inicial do código genético pode ter sido conduzida, em parte, por energias diferenciadas, em oposição exclusivamente à funcionalidade de qualquer produto gênico. Em tal cenário, as pressões evolutivas podem, em parte, derivar da otimização das propriedades biofísicas (por exemplo, estabilidades relativas e taxas relativas), além da perspectiva clássica de ser impulsionado por uma vantagem adaptativa fenotípica (seleção natural). Tal mapeamento de energia diferencial do código genético, bem como domínios genômicos maiores, pode refletir  uma paisagem genômica evoluída e energeticamente resolvida, consistente com um tipo de ‘darwinismo molecular’ diferencial, movido por energia. Não deveria ser surpresa que a evolução do código foi influenciada pela energética diferencial, já que a termodinâmica é o ramo mais geral e universal da ciência que opera em todas as escalas de tempo e comprimento.

A estabilidade de uma dupla hélice de DNA não tem correlação com seu conteúdo de informação.

Presumivelmente, uma sequência repetitiva de AGTCAGTC em toda a cadeia pode ser a mais estável de todas, mas não transmitiria mensagem e não teria função. Um “código de energia” que se estabeleceu a partir da entropia nunca se traduziria em uma máquina molecular com uma função sofisticada. Os autores assumem que, como o código existente é estável e tem o  potencial  de ser rico em informações, ele será selecionado naturalmente para  ser  rico em informações. Isso não faz sentido. Será que o surgimento de carrinhos de compras mais estáveis com quatro rodas em vez de três garantirá que serão preenchidos com mantimentos? Nenhuma retórica pode defender tal ideia. 

Os autores percebem que sua hipótese ainda tem um longo caminho a percorrer:

As próximas etapas  incluem reformular e mapear a sequência química do genoma humano em  um “genoma de energia”,  para que as regiões de DNA com diferentes estabilidades de energia possam ser correlacionadas com estruturas físicas e funções biológicas.

Boa sorte com isso. Nenhuma quantidade de pesquisa pode justificar uma premissa falha.

Caso 2: Sequências Naturais

Outro artigo tenta obter códigos por processos materiais. É encontrado no  PNAS  por Inouye et al., “Evolução do código genético; Evidências de disparidade de uso de códon serina em  Escherichia coli.” Esta equipe rebate o conceito de códons sinônimos, onde um aminoácido pode ser representado por dois a seis códons. O código da serina, por exemplo, pode ser representado por AGU / C (uma “caixa”) ou UCU / C / A / G (uma segunda caixa). Este é o único caso em que são necessárias duas substituições de bases para passar de uma caixa para a outra. “Decifrar como isso aconteceu fornecerá  informações importantes sobre a origem da vida e o código genético”, eles prometem. 

Os autores tentam organizar os aminoácidos em árvores filogenéticas. Na origem da vida, apenas sete aminoácidos estavam em uso, eles propõem; depois, a alanina ramificou-se para a segunda caixa de serina e assim por diante. Eles assumem que aqueles com os códons mais sinônimos evoluíram primeiro e, posteriormente, aqueles com códons únicos. Eles contam quantas espécies de aminoácidos existem nas bactérias e partem, elaborando um cenário de como o código genético evoluiu. Estranhamente ausente está a palavra  informação  no esquema. Como esses códons se traduzem em uma função? Ora, eles o “adquirem”! O Iluminismo floresceu!

A substituição de resíduos Ala por Ser não apenas torna uma proteína mais hidrofílica, mas também, em alguns casos, pode fazer com que uma proteína adquira uma função enzimática ou forneça  um local para modificação de proteína, como fosforilação e acetilação.

Não há sentido em continuar com essa noção. Está tudo misturado.

Portanto, especula-se ainda  que os resíduos Ser codificados por AGU ou AGC em proteínas  tinham funções originalmente diferentes  dos resíduos Ser codificados por UCX. Desde então, os dois conjuntos diferentes de códons Ser foram completamente misturados durante a evolução.

Não leia este artigo como o método científico em ação. Leia como uma história para dormir.

Olhando para a tabela de códons (Tabela 1), parece que somos capazes de decifrar histórias ocultas sobre como os códons genéticos evoluiram. Com base na hipótese de que o aminoácido mais simples e, portanto, o mais primitivo entre os 20 aminoácidos é GGX ou Gly, os códons para outros aminoácidos são propostos como tendo evoluído de GGX. Na segunda etapa da evolução do códon, novos conjuntos de códons para sete aminoácidos surgiram ….

Emergiu. Sim, crianças, graças a Darwin, sabemos que códigos e outras coisas maravilhosas podem emergir da matéria – por si mesmas. 

O poder de um código

Os materialistas que se limitam ao mecanismo de Darwin continuam lutando por maneiras naturais de obter códigos. Eles olham para a energia. Eles olham para os blocos de construção. Eles conectam blocos de construção à energia. Mas, como conectar um cabo de extensão em si mesmo, não há poder que “emerge” no sistema – exceto por meio de histórias especulativas na imaginação dos materialistas. Meyer, Thaxton e os outros permanecem justificados: o poder de um código só flui quando conectado às informações.

Estruturas Não Evoluem Antes De Serem Necessárias

By Cornelius Hunter | DarwinsPredictions

Uma premissa fundamental da teoria da evolução é que a evolução não tem previsão. É um processo cego que responde às necessidades atuais, não futuras. Isso significa que as estruturas biológicas não evoluem antes de serem necessárias. Mas muitos exemplos disso foram descobertos nos últimos anos. Por exemplo, nos estágios embrionários de uma ampla variedade de organismos, o desenvolvimento do sistema de visão é orquestrado por genes de controle semelhantes, conhecidos como fatores de transcrição. Como um artigo explicou, “Todos os olhos, invertebrados e vertebrados, se desenvolvem por meio de uma cascata de fatores de transcrição semelhantes, apesar das vastas distâncias filogenéticas. (Wake, Wake and Specht)

Como esses fatores de transcrição são tão prevalentes na árvore evolutiva, eles devem ter evoluído nos estágios iniciais da evolução, em um ancestral comum inicial. Mas isso foi antes de qualquer sistema de visão ter evoluído. O sistema de visão é apenas um dos vários exemplos que mostram que os componentes genéticos de muitas das atuais vias de desenvolvimento embrionário devem estar presentes muito antes de tais vias existirem. Os evolucionistas agora se referem ao aparecimento desses componentes genéticos, antes de serem usados como tais, como pré adaptação :

Comparações de genomas mostram que os primeiros clados contêm cada vez mais genes que medeiam o desenvolvimento de características complexas vistas apenas em ramos metazoários posteriores… A existência de elementos principais do kit de ferramentas de desenvolvimento bilateral nesses organismos mais simples implica que esses componentes evoluíram para outras funções além da produção de morfologia complexa, pré-adaptando o genoma para a diferenciação morfológica que ocorreu proeminente na filogenia dos metazoários. (Marshall e Valentine)


Essa pré-adaptação vai além do desenvolvimento embrionário. Por exemplo, vários componentes-chave do cérebro humano são encontrados em organismos unicelulares chamados coanoflagelados. Portanto, esses componentes-chave devem ter evoluído em organismos unicelulares, muito antes dos animais, cérebros e células nervosas existirem. Como explicou um evolucionista: “Os coanoflagelados têm muitos precursores para coisas que pensávamos estar presentes apenas em animais”. (Marshall)
Outro exemplo são as máquinas moleculares para o transporte de proteínas através da membrana interna da mitocôndria, que deve ter evoluído muito antes das mitocôndrias existirem. (Clements et. Al.)

Como explicou um evolucionista: “Você olha para as máquinas celulares e diz: por que diabos a biologia faria algo assim? É muito bizarro. Mas quando você pensa sobre isso de uma forma evolucionária neutra, em que essas máquinas surgem antes que haja uma necessidade delas, então faz sentido”. (Keim)


Referências

Clements, A., D. Bursac, X. Gatsos, et. al. 2009. “The reducible complexity of a mitochondrial molecular machine.” Proceedings of the National Academy of Sciences 106:15791-15795.

Keim, Brandon. 2009. “More ‘Evidence’ of Intelligent Design Shot Down by Science.” Wired Aug. 27. http://www.wired.com/wiredscience/2009/08/reduciblecomplexity/

Marshall, Michael. 2011. “Your brain chemistry existed before animals did.” NewScientist September 1.

Marshall C., J. Valentine. 2010. “The importance of preadapted genomes in the origin of the animal bodyplans and the Cambrian explosion.” Evolution 64:1189-1201.

Wake D., M. Wake, C. Specht. 2011. “Homoplasy: from detecting pattern to determining process and mechanism of evolution.” Science 331:1032-1035.

Evolução Dos Humanos? Armado Com As Evidências, A História Se Desfaz

Eric H. Anderson | Evolution News

Nota do editor: Eric Anderson é advogado, executivo de uma empresa de software e co-autor do livro recém-lançado, Evolution and Intelligent Design in a Nutshell.

Na semana passada, os leitores de ciência acordaram com manchetes sem fôlego sobre nossa própria evolução contínua. A evidência? Uma artéria extra no antebraço de alguns adultos. Desta vez não era sobre algum pássaro obscuro em uma ilha remota. Agora éramos nós – uma prova de que os humanos ainda estão evoluindo! Dado esse fator de interesse pessoal, a história se espalhou rapidamente. “A evolução nos arma com uma artéria extra”, como Cosmos brincou. Uma manchete do Science Alert foi mais direta, tanto sobre a observação quanto sobre as implicações: “ Mais humanos estão desenvolvendo uma artéria extra em nossos braços, mostrando que ainda estamos evoluindo”.

Reportando no Journal of Anatomy, cientistas na Austrália descobriram que mais adultos agora possuem uma “artéria mediana do antebraço”, em contraste com estudos nos últimos dois séculos.

Especificamente, com base em uma amostra de “78 membros superiores dissecados em duas universidades australianas diferentes”, os pesquisadores analisaram se uma artéria mediana no antebraço estava presente. Eles então compararam esse número com os de estudos anteriores e concluíram que “a prevalência das artérias medianas dos antebraços” desde 1846 aumentou de aproximadamente 10 por cento para mais de 30 por cento. Os autores calculam que, se a tendência continuar, quase todas as pessoas nascidas após 2100 terão uma artéria mediana.

Uma causa legítima de preocupação

A prevalência dessa artéria adicional pode ser significativa para a medicina moderna, porque às vezes a “artéria mediana, quando presente, passa pelo túnel do carpo, podendo comprimir o nervo mediano, causando a síndrome do túnel do carpo”. Dado que milhões de nós lutamos com a síndrome do túnel do carpo em nosso mundo infestado de dispositivos, este é um motivo potencialmente legítimo de preocupação.

Deixando de lado por um momento o pequeno tamanho da amostra (como os autores reconhecem), vamos supor que os números relatados neste estudo e em estudos anteriores de meados do século XIX refletem uma tendência genuína na prevalência da artéria mediana do antebraço. Vamos supor ainda que as projeções dos pesquisadores para o aumento futuro dessa prevalência estejam corretas e que todos os nascidos após 2100 carreguem uma artéria mediana. O que isso demonstra sobre a evolução?

Afinal, não é suficiente simplesmente observar uma mudança biológica e então declarar que, portanto, os humanos estão “evoluindo”.

Devemos olhar para a causa subjacente para entender o que realmente está acontecendo.

Regulando o Desenvolvimento Embrionário

Os autores do estudo reconhecem que a causa dessa mudança é desconhecida, mas sugerem que seja provavelmente o resultado de uma mutação em uma estrutura regulatória.

Especificamente, a artéria mediana é “uma estrutura embrionária, que normalmente regride por volta da 8ª semana de gestação”. A artéria mediana é, portanto, um aspecto perfeitamente normal da anatomia humana, presente durante o desenvolvimento embrionário inicial e, em seguida, geralmente desbotando ou desaparecendo totalmente à medida que as artérias radial e ulnar em cada lado do antebraço se desenvolvem e assumem a função.

Se pararmos aqui e considerarmos os fatos, já podemos ver os contornos claros de uma resposta racional baseada em fatos para o que está em questão. A artéria mediana é uma parte normal (presumivelmente essencial) do desenvolvimento embrionário inicial. Depois que a artéria faz seu trabalho, o embrião em desenvolvimento fecha a artéria mediana enquanto desenvolve as artérias radial e ulnar. Isso fala claramente sobre regulação e controle. Os tipos de coisas que são consistentes com um processo planejado e proposital.

Na verdade, os autores reconhecem que um sistema regulado está em funcionamento: “O mecanismo de regressão da artéria mediana é iniciado e regulado por genes específicos.

A persistência da artéria mediana na idade adulta indica falha na expressão desses genes” (grifo nosso). Os pesquisadores continuam sugerindo que essa falha no processo de regressão “pode ter resultado da alteração ou dano aos genes por mutações”, ou talvez um fator ambiental, como uma infecção da mãe, pudesse ter interrompido o processo de regressão.

Em ambos os casos, o que temos é um processo cuidadosamente controlado em direção a um resultado específico que foi interrompido. Infelizmente, os autores não seguem essa linha clara de pensamento, mas, em vez disso, voltam imediatamente ao paradigma evolucionário dentro do qual eles acham que as evidências precisam se encaixar, argumentando que o aumento da prevalência da artéria mediana “nos últimos 125 anos significa um verdadeiro processo evolutivo de mudança nos pools de genes ” e “ a prevalência de artérias medianas persistentes em antebraços adultos de pessoas em muitos países pode ser uma tendência associada ao processo evolutivo”.

As referências à evolução estão espalhadas por todo o artigo. No entanto, apesar da clara implicação de que a falha da regressão da artéria mediana é devido a um obstáculo em um processo de controle sofisticado, pouca atenção adicional é dada a esse fato. Os autores não mencionam “regulação” novamente e não há discussão sobre controles ou esboços de pesquisas adicionais que poderiam ser realizadas ao longo dessas linhas. Em vez disso, as observações são enfiadas em uma caixa mental do pensamento darwiniano, com apelos vagos à “pressão de seleção” como a causa da mudança observada. Parece haver uma cegueira coletiva para as evidências bem debaixo de nossos narizes.

Dois pontos finais de nota particular.

Darwin Devolves – novamente

Primeiro, nenhuma nova estrutura biológica foi observada e não há evidências de que a evolução produziu qualquer nova característica biológica.

Pelo contrário. Uma estrutura funcional, necessária para o desenvolvimento embrionário inicial, não foi removida quando normalmente seria eliminada no processo de desenvolvimento. Se isso conta como “evolução”, como dizem os autores e proclamam as manchetes, então certamente não é a evolução como Darwin a imaginou. A evolução precisa explicar (e Darwin pensou que estava explicando) a origem de novas características biológicas e, eventualmente, formas biológicas completamente novas.

Observar que uma estrutura pré-existente permanece em cena depois que deveria sair do palco à esquerda não nos diz nada sobre a origem da estrutura.

Em vez disso, o que parece que estamos observando no caso da artéria mediana humana é um colapso de um sistema pré-existente e uma falha de um processo regulatório em prosseguir ao longo de suas linhas pré-programadas. Apesar da narrativa evolutiva, o colapso dos sistemas existentes e o rompimento da programação genética é exatamente o que podemos esperar das mutações.

Se for descoberto que a persistência da artéria mediana na idade adulta é realmente o resultado de mutações, então o que teremos é mais um exemplo de genes quebrados e um processo quebrado – outro exemplo de mutações como perda de função, assim como Michael Behe argumentou em Darwin Devolves. Essas mudanças de-evolucionárias podem ser interessantes, mas não são um conforto para a história evolutiva. Na verdade, eles são precisamente o oposto do que a teoria da evolução tem a explicar.

Seleção natural para o resgate?

Em segundo lugar, apesar das sugestões dos pesquisadores em contrário, a persistência da artéria mediana dificilmente pode ser vista como um exemplo de seleção natural agindo em variações. Se for, então parece estar exatamente ao contrário do que afirma a teoria. Como já mencionado, potenciais implicações negativas para a síndrome do túnel do carpo estão disponíveis. Além disso, os autores observam as desvantagens da artéria persistente em termos de potencial “trombose, aneurisma, calcificação ou ruptura traumática” e reconhecem que “uma artéria mediana é geralmente considerada uma desvantagem quando surgem complicações devido à sua presença”. Por que então a seleção natural selecionaria agressivamente a artéria mediana no decorrer de apenas algumas gerações? O melhor que os autores podem oferecer para uma vantagem de seleção é que “em casos raros”, a artéria mediana poderia atuar como um “vaso de emergência” de reserva se ocorrer dano às artérias radial ou ulnar.

Em suma, as evidências citadas pelos próprios autores apontam para uma desvantagem abrangente na persistência da artéria mediana, sugerindo (pode-se concluir razoavelmente) que havia um propósito em primeiro lugar para a regressão da artéria após ela ter feito seu trabalho no início do desenvolvimento embrionário.

A fim de calçar a persistência da artéria mediana na narrativa evolutiva, os autores podem apresentar pouco mais do que uma possível vantagem contingente que pode ocorrer em “casos raros” como um backup de emergência (precisamente o tipo de coisa, a propósito, que a seleção natural seria cega em tudo, exceto nas circunstâncias mais incomuns).

Sucumbindo ao canto da sereia da evolução e ignorando o peso das próprias evidências que eles apresentaram, a explicação evolucionária dos autores consiste em pouco mais do que uma vaga referência à “pressão de seleção”, juntamente com uma curiosa cegueira para a observação baseada em fatos que eles fizeram anteriormente sobre a ruptura de uma estrutura regulatória pré-existente. Este grito simplista para Darwin não é algo que possa ser levado a sério como uma explicação científica. Em vez disso, isso dificulta nossa compreensão.

Um melhor entendimento

Ao que tudo indica, os pesquisadores fizeram um excelente trabalho e apresentaram boas informações.

Não denigro de forma alguma seus esforços de pesquisa. Na verdade, há uma série de questões valiosas relacionadas ao design que fluem naturalmente dessa pesquisa. Qual é o propósito biológico inicial da artéria mediana? Por que o embrião é pré-programado para eliminar a artéria mediana e que restrições de projeto e engenharia exigem essa regressão? Como a regressão é controlada e iniciada? Se a persistência da artéria mediana for devido a uma falha em uma chave reguladora, há maneiras de reativar a chave?

No entanto, com a evolução como guia, há pouco significado.

Este não é claramente um exemplo de evolução produzindo uma nova estrutura biológica ou uma nova característica anatômica – precisamente os tipos de coisas que a evolução deve ser capaz de explicar. Na verdade, este é um exemplo de devolução. Tampouco está claro, apesar dos apelos dos autores a uma “pressão de seleção”, que essa mudança na população humana tenha algo a ver com a seleção natural – a explicação normal para esses tipos de observações. Esta parece ser uma mudança não benéfica, com a seleção natural falhando em prevenir a persistência negativa da artéria, e certamente não sendo responsável pela produção da artéria em primeiro lugar.

Tanto para a seleção natural “escrutinar diariamente e de hora em hora, em todo o mundo, cada variação, mesmo a mais leve; rejeitando o que é ruim, preservando e somando tudo o que é bom ”, como Darwin escreveu em Origem das Espécies.

De uma perspectiva evolucionária, a seleção natural parece ter sido pega dormindo no trabalho.

Estruturas Complexas Evoluíram De Estruturas Mais Simples

Darwins Predictions | Cornelius Hunter

Supor que o olho”, escreveu Darwin, “poderia ter sido formado pela seleção natural, parece, eu confesso livremente, um absurdo no mais alto grau possível”. Mas Darwin argumentou que não devemos ser enganados por nossas intuições. Dada a seleção natural operando em variações hereditárias, algumas das quais são úteis, então, se uma sequência de numerosas pequenas mudanças de um olho simples e imperfeito para um olho complexo e perfeito puder ser mostrado para poder existir, e se o olho é de alguma forma útil em cada etapa, então a dificuldade está resolvida. (Darwin, 143) A chave era identificar “uma longa série de gradações em complexidade, cada uma boa para seu possuidor”, que poderia levar a “qualquer grau concebível de perfeição”. (Darwin, 165) Mas, desde Darwin, a lista de estruturas complexas em biologia, para as quais nenhuma “série de gradações em complexidade” pôde ser encontrada, continuou a crescer mais. Tanto o registro fóssil quanto os dados genômicos revelam alta complexidade em linhagens onde a evolução esperava simplicidade. Como explicou um evolucionista:

É comumente acreditado que organismos complexos surgiram de organismos simples. No entanto, análises de genomas e de seus genes transcritos em vários organismos revelam que, no que diz respeito aos genes codificadores de proteínas, o repertório de uma anêmona do mar – um animal bastante simples, evolutivamente básico – é quase tão complexo quanto o de um humano.” (Technau)


A complexidade inicial também é evidente na bioquímica da célula. Por exemplo, as quinases são um tipo de enzima que regula várias funções celulares ao transferir um grupo fosfato para uma molécula alvo. As quinases são comuns em espécies de eucariotos e, portanto, devem persistir até o final da árvore evolutiva. E a semelhança entre as espécies das funções da quinase e suas moléculas de substrato significa que esses substratos da quinase devem ter permanecido praticamente inalterados por bilhões de anos. As complexas ações regulatórias das enzimas quinase devem estar presentes no início da história da vida. (Diks) Este não é de forma alguma um exemplo isolado. As histonas são uma classe de proteínas eucariotas que ajudam a organizar e empacotar o DNA e o gene que codifica a histona IV é altamente conservado entre as espécies. Então, novamente, a primeira histona IV deve ter sido muito semelhante às versões que vemos hoje. Um exemplo da complexidade inicial dos olhos é encontrado no trilobita há muito extinto. Ele tinha olhos talvez os mais complexos já produzidos pela natureza. Um especialista os chamou de “um feito de todos os tempos de otimização de funções“. (Levi-Setti, 29) Revisando os dados fósseis e moleculares, um evolucionista explicou que não há aparecimento sequencial dos principais grupos de animais “dos filos mais simples aos mais complexos, como seria previsto pelo modelo evolucionário clássico”. (Sherman) E como uma equipe de evolucionistas concluiu, “a genômica comparativa confirmou uma lição da paleontologia: a evolução não procede monotonicamente do mais simples para o mais complexo.”(Kurland)


Referências
Darwin, Charles. 1872. The Origin of Species. 6th ed. London: John Murray.
http://darwin-online.org.uk/content/frameset?itemID=F391&viewtype=text&pageseq=1
Diks, S., K. Parikh, M. van der Sijde, J. Joore, T. Ritsema, et. al. 2007. “Evidence for a minimal eukaryotic phosphoproteome?.” PLoS ONE 2.
Kurland, C., L. Collins, D. Penny. 2006. “Genomics and the irreducible nature of eukaryote cells.” Science 312:1011-1014.
Levi-Setti, Riccardo. 1993. Trilobites. 2d ed. Chicago: University of Chicago Press.
Sherman, M. 2007. “Universal genome in the origin of metazoa: Thoughts about evolution.” Cell Cycle 6:1873-1877.

Technau, U. 2008. “Evolutionary biology: Small regulatory RNAs pitch in.” Nature 455:1184-1185.

As espécies devem formar uma árvore evolutiva

Por Cornelius Hunter | Darwins Predictions




Desde Darwin, a árvore evolucionária universal tem sido um princípio unificador na biologia. A evolução previu que esta árvore universal pode ser derivada organizando as espécies de acordo com suas semelhanças e diferenças. E à medida que mais dados se tornaram disponíveis, particularmente a partir dos avanços dramáticos na biologia molecular na segunda metade do século XX, as expectativas eram altas para a determinação desta árvore. Como um artigo explica,



Uma vez que os caracteres universais estavam disponíveis para todos os organismos, a visão darwiniana de uma representação universal de toda a vida e sua história evolutiva de repente se tornou uma possibilidade realista. Cada vez mais se fazia referência a essa filogenia universal baseada em moléculas como a árvore ‘abrangente’ de “todo o espectro da vida” (O’Malley e Koonin).

Mas essas expectativas foram frustradas:

Em meados da década de 1980, havia grande otimismo de que as técnicas moleculares finalmente revelariam a árvore universal da vida em toda a sua glória. Ironicamente, o oposto aconteceu.” (Lawton)


Como um estudo explicou, o problema é tão confuso que os resultados “podem levar a uma alta confiança em hipóteses incorretas”. E embora os evolucionistas pensassem que mais dados resolveriam seus problemas, o oposto ocorreu. Com os volumes cada vez maiores de dados, a incongruência entre as árvores

tornou-se generalizada”. (Dávalos)

Como outro pesquisador explicou,

“Incongruências filogenéticas podem ser vistas em todos os lugares da árvore universal, desde sua raiz até as principais ramificações dentro e entre os vários táxons até a composição dos próprios agrupamentos primários.” (Woese)


Essas incongruências não são variações estatísticas menores e a falha geral de convergir para uma única topologia fez com que alguns pesquisadores pedissem um relaxamento do

pensamento em árvore“. (Bapteste, et. Al.)


Nem essas incongruências se limitam a genes codificadores de proteínas. Como uma pesquisa comentou:

Eu olhei para milhares de genes de microRNA e não consigo encontrar um único exemplo que suporte a árvore tradicional”. (Dolgin) 


Essas incongruências forçaram os evolucionistas a filtrar os dados com cuidado para obter árvores evolutivas. Como um artigo explica,

“selecionar genes com fortes sinais filogenéticos e demonstrar a ausência de incongruências significativas são essenciais para reconstruir com precisão as divergências antigas”. (Salichos e Rokas)

Mas isso levanta a questão de se a árvore resultante é real:

A estrutura hierárquica sempre pode ser imposta ou extraída de tais conjuntos de dados por algoritmos projetados para isso, mas em sua base a TOL universal [árvore da vida ] baseia-se em uma suposição não comprovada sobre o padrão que, dado o que sabemos sobre o processo, é improvável que seja amplamente verdadeiro. ”(Doolittle e Bapteste). 


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Referências:

Bapteste E., et. al. 2005. “Do orthologous gene phylogenies really support tree-thinking?.” BMC Evolutionary Biology5:33.
 
Dávalos L., et. al. 2012. “Understanding phylogenetic incongruence: lessons from phyllostomid bats.” Biological Reviews Cambridge Philosophical Society 87:991-1024.
 
Dolgin, E. 2012. “Phylogeny: Rewriting evolution.” Nature 486:460-462.
 
Doolittle, W., E. Bapteste. 2007. “Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis.” Proceedings of the National Academy of Sciences 104:2043-2049.
 
Lawton, G. 2009. “Why Darwin was wrong about the tree of life.” New Scientist January 21.
 
O’Malley, M., E. Koonin. 2011. “How stands the Tree of Life a century and a half after The Origin?.” Biology Direct6:32.
 
Salichos L., A. Rokas. 2013. “Inferring ancient divergences requires genes with strong phylogenetic signals.”Nature 497:327-331.

Woese C. 1998. “The universal ancestor.” Proceedings of the National Academy of Sciences 95:6854-6859.

Gene e filogenias de hospedeiro são congruentes

By Cornelius Hunter – DarwinPredictions



A evolução prevê que a mudança genética impulsiona a mudança evolutiva. Mudanças genéticas que conferem melhor aptidão são mais prováveis ​​de serem selecionadas e transmitidas. Tudo isso significa que as árvores evolucionárias baseadas em comparações de genes devem ser semelhantes, ou congruentes, com as árvores evolucionárias baseadas em comparações de espécies inteiras. Simplificando, as árvores genéticas e as árvores de espécies devem ser congruentes. Mas, embora muitas vezes se afirme que essa previsão é bem-sucedida, agora se sabe que é falsa. Como um estudo explicou: “Talvez o mais inesperado de tudo seja o desacoplamento substancial, agora conhecido na maioria, embora não em todos, os ramos da vida do organismo, entre as histórias filogenéticas de famílias de genes individuais e o que geralmente foi aceito como a história dos genomas e / ou suas linhagens hospedeiras celulares ou orgânicas. ” (Ragan, McInerney e Lake)
 
As características moleculares e visíveis (morfológicas) freqüentemente indicam árvores evolucionárias “notavelmente diferentes” que não podem ser explicadas devido aos diferentes métodos sendo usados. (Lockhart e Cameron) Dar sentido a essas diferenças entre as características moleculares e morfológicas tornou-se uma tarefa importante, (Gura) tão comum que agora tem seu próprio nome: reconciliação. (Stolzer, et. Al.)
 
A crescente lacuna entre as análises moleculares e o registro fóssil, concluiu um pesquisador, “é surpreendente”. (Feduccia) Em vez de uma única árvore evolutiva emergindo dos dados, há uma abundância de árvores evolutivas concorrentes. (de Jong) E embora se esperasse que as inconsistências entre os dados moleculares e fósseis fossem, no mínimo, piores com as partes mais antigas e inferiores da árvore evolucionária, o padrão oposto é observado. Como um estudo explicou, “a discórdia entre as estimativas de divergência molecular e o registro fóssil é generalizada entre os clados e de magnitude consistentemente mais alta para os clados mais jovens”. (Ksepka, Ware e Lamm)

Referencias

de Jong, W. 1998. “Molecules remodel the mammalian tree.” Trends in Ecology & Evolution, 13:270-275.

Feduccia, A. 2003. “‘Big bang’ for tertiary birds?.” Trends in Ecology & Evolution 18:175.

Gura, T. 2000. “Bones, molecules…or both?.” Nature 406:230-233.

Ksepka, D. T., J. L. Ware, K. S. Lamm. 2014. “Flying rocks and flying clocks: disparity in fossil and molecular dates for birds.” Proceedings of the Royal Society B 281: 20140677.

Lockhart, P., S. Cameron. 2001 “Trees for bees.” Trends in Ecology and Evolution 16:84-88.

Ragan, M., J. McInerney, J. Lake. 2009. “The network of life: genome beginnings and evolution.” Philosophical Transactions of the Royal Society B 364:2169-2175.

Stolzer, M., et. al. 2012. “Inferring duplications, losses, transfers and incomplete lineage sorting with nonbinary species trees.” Bioinformatics 28 ECCB:i409–i415.

Características Genômicas Não São Distribuídas Esporadicamente

By Cornelius Hunter – Darwins Predictions

Um conceito fundamental na teoria da evolução é a herança de variações genéticas por meio de linhas de sangue.(Forbes) Essa chamada transmissão vertical de material hereditário significa que os genes, e os genomas em geral, devem cair em um padrão de descendência comum, consistente com a árvore evolutiva. Na verdade, esses genes são freqüentemente citados como uma confirmação da evolução. Mas, à medida que mais dados genômicos se tornam disponíveis, um número cada vez maior de genes foi descoberto que não se encaixam no padrão de descendência comum porque estão ausentes em muitas espécies intermediárias. (Andersson e Roger 2002; Andersson e Roger 2003; Andersson 2005; Andersson, Sarchfield e Roger 2005; Andersson 2006; Andersson et. Al. 2006; Andersson 2009; Andersson 2011; Haegeman, Jones e Danchin; Katz; Keeling and Palmer; Richards et. al 2006a; Richards et. al 2006b; Takishita et. al .; Wolf et. al.) Este tipo de padrão também é encontrado para características de arquitetura do genoma que são esporadicamente distribuídas e, em seguida, surpreendentemente semelhantes em espécies distantes. Na verdade, essas semelhanças não ocorrem apenas duas vezes, em duas espécies distantes.Freqüentemente, ocorrem repetidamente em uma variedade de espécies distantes. Isso é tão difundido que os evolucionistas chamaram o fenômeno de “evolução recorrente”.Como um artigo explica, a recente explosão de dados do genoma revela “características genômicas surpreendentemente semelhantes em linhagens diferentes”. Além disso, existem “características cuja distribuição está ‘espalhada’ pela árvore evolutiva, indicando evolução independente repetida de características genômicas semelhantes em linhagens diferentes.” (Maeso, Roy e Irimia) Um exemplo é a estranha semelhança entre o genoma canguru e o humano. Como explicou um evolucionista: “Existem algumas diferenças, temos um pouco mais disso, um pouco menos daquilo, mas eles são os mesmos genes e muitos deles estão na mesma ordem. Nós pensamos que eles seriam completamente embaralhados, mas não estão.” (Taylor) Agora é bem reconhecido que esta previsão falhou: “A transmissão vertical de material hereditário, uma pedra angular da teoria da evolução de Darwin, é inadequada para descrever a evolução dos eucariotos, particularmente dos eucariotos microbianos.” (Katz) E esses padrões esporádicos e irregulares requerem cenários complicados e ad hoc para explicar sua origem. Como um artigo explicou, a evolução de um determinado conjunto de genes “revela uma história complexa de eventos de transferência horizontal de genes”. (Wolf et. Al.) O resultado é que qualquer padrão pode ser explicado organizando-se os mecanismos corretos. Características que são compartilhadas entre espécies semelhantes podem ser interpretadas como “o resultado de uma história evolutiva comum”, e características que não são podem ser interpretadas como “o resultado de forças evolutivas comuns”. (Maeso, Roy e Irimia) Essas forças evolutivas comuns são complexas e devem ter sido criadas pela evolução. Eles podem incluir transferência gênica horizontal (ou lateral), perda gênica, fusão gênica e até mesmo forças desconhecidas. Por exemplo, um estudo concluiu que a melhor explicação para o padrão de um determinado gene era que ele “foi transferido lateralmente entre eucariotos filogeneticamente divergentes por meio de um mecanismo desconhecido”. (Takishita et. Al.) Mesmo com a grande variedade de mecanismos disponíveis, ainda permanece o mecanismo desconhecido.

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Referências

◾Andersson, J., A. Roger. 2002. “Evolutionary analyses of the small subunit of glutamate synthase: gene order conservation, gene fusions, and prokaryote-to-eukaryote lateral gene transfers.” Eukaryotic Cell 1:304-310.

◾Andersson, J., A. Roger. 2003. “Evolution of glutamate dehydrogenase genes: evidence for lateral gene transfer within and between prokaryotes and eukaryotes.” BMC Evolutionary Biology3:14.

◾Andersson, J. 2005. “Lateral gene transfer in eukaryotes.” Cellular and Molecular Life Sciences 62:1182-97.

◾Andersson, J., S. Sarchfield, A Roger. 2005. “Gene transfers from nanoarchaeota to an ancestor of diplomonads and parabasalids.”Molecular Biology and Evolution 22:85-90.

◾Andersson, J. 2006. “Convergent evolution: gene sharing by eukaryotic plant pathogens.” Current Biology16:R804-R806.

◾Andersson, J., R. Hirt, P. Foster, A. Roger. 2006. “Evolution of four gene families with patchy phylogenetic distributions: influx of genes into protist genomes.” BMC Evolutionary Biology 6:27.

◾Andersson, J. 2009. “Horizontal gene transfer between microbial eukaryotes.” Methods in Molecular Biology 532:473-487.

◾Andersson, J. 2011. “Evolution of patchily distributed proteins shared between eukaryotes and prokaryotes: Dictyostelium as a case study.” J Molecular Microbiology and Biotechnology 20:83-95.

◾Haegeman, A., J. Jones, E. Danchin. 2011. “Horizontal gene transfer in nematodes: a catalyst for plant parasitism?.” Molecular Plant-Microbe Interactions 24:879-87.

◾Katz, L. 2002. “Lateral gene transfers and the evolution of eukaryotes: theories and data.” International J. Systematic and Evolutionary Microbiology 52:1893-1900.

◾Keeling, P., J. Palmer. 2008. “Horizontal gene transfer in eukaryotic evolution,”Nature Reviews Genetics 9:605-18.

◾Maeso, I, S. Roy, M. Irimia. 2012. “Widespread Recurrent Evolution of Genomic Features.” Genome Biology and Evolution 4:486-500.

◾Richards, T., J. Dacks, J. Jenkinson, C. Thornton, N. Talbot. 2006. “Evolution of filamentous plant pathogens: gene exchange across eukaryotic kingdoms.”Current Biology 16:1857-1864.

◾Richards, T., J. Dacks, S. Campbell, J. Blanchard, P. Foster, R. McLeod, C. Roberts. 2006. “Evolutionary origins of the eukaryotic shikimate pathway: gene fusions, horizontal gene transfer, and endosymbiotic replacements.”Eukaryotic Cell 5:1517-31.

◾Takishita, K., Y. Chikaraishi, M. Leger, E. Kim, A. Yabuki, N. Ohkouchi, A. Roger. 2012. “Lateral transfer of tetrahymanol-synthesizing genes has allowed multiple diverse eukaryote lineages to independently adapt to environments without oxygen.” Biology Direct 7:5.

◾Taylor, R. 2008. “Kangaroo genes close to humans,” Reuters, Canberra, Nov 18.

Wolf, Y., L. Aravind, N. Grishin, E. Koonin. 1999. “Evolution of aminoacyl-tRNA synthetases–analysis of unique domain architectures and phylogenetic trees reveals a complex history of horizontal gene transfer events.”Genome Research 9:689-710.