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Não é mais “lixo”: DNA misterioso tem papel fundamental em danos por acidente vascular cerebral.

MEDICAL XPRESS

Nota do editor:Títulos e artigo adaptados a partir do original. O original possui referências, bastando acessar o link. Os links do artigo estão em inglês.  A imagem também é do artigo original.

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Um estudo sobre ratos divulgado hoje [15/12/2015], mostra que o bloqueio de um tipo de RNA produzido pelo o que se costumava ser chamado de “DNA lixo“, pode impedir uma parcela significativa da destruição neural que resulta em acidente vascular cerebral. A pesquisa aponta para um futuro tratamento de danos pós acidente vascular cerebral, que muitas vezes é mais extenso do que a destruição inicial, resultante da desativação temporária de sangue para o cérebro.

A pesquisa também liga dois mistérios: Por que a maioria dos danos seguem a restauração do fornecimento de sangue? E qual é o papel da grande maioria do genoma humano, uma vez que foi considerado lixo porque não tem o padrão do RNA que faz proteínas?

Menos de 2% dos RNAs formados a partir do genoma codificam para proteínas, deixando 98% dos quais chamamos de “RNA não-codificante”“, diz o autor sênior, Raghu Vemuganti, professor de na Universidade de Wisconsin-Madison.

No estudo publicado no Journal of Neuroscience, Vemuganti e colegas bloquearam uma variedade de RNA longos não codificadores (lncRNA), em que existe, pelo menos, 40.000 variedades únicas -possivelmente cerca de 100.000.

Este lncRNA pode ligar-se a outro ARN, a uma proteína, ou a uma proteína de um lado e do outro DNA“, diz Suresh Mehta (primeiro autor), um cientista do Departamento de Cirurgia Neurológica. Entre muitos outros trabalhos, lncRNAs podem regular a atividade do gene.

O acidente vascular cerebral influencia a expressão de todos os tipos de RNA, e este RNA tem uma influência ampla em toda a célula, depois que o  é restaurado; ao qual chamamos de “, diz Vemuganti.

Alguns anos atrás, nosso laboratório começou a observar como o  afeta o RNA não-codificante. Há dois anos, foram identificados cerca de 200 tipos de vários lncRNAs que aumentam ou diminuem consideravelmente após o acidente vascular cerebral, concentrando-se em um que nós nomeamos FosDT.

Sabíamos que o nível de FosDT havia subido mais de dez vezes no cérebro do rato dentro de três horas após o acidente vascular cerebral“, acrescenta Vemuganti. Nós pensamos assim: se bloquearmos o FosDT após o acidente vascular cerebral, isso faria qualquer diferença na quantidade de danos estruturais ou deficiência comportamental?

Vemuganti e seus colegas projetaram três fios de RNA personalizados para silenciar o FosDT, os injetaram em ratos, desligando deliberadamente uma artéria no cérebro, durante uma hora. Testes realizados na primeira semana mostraram que os ratos tratados recuperaram habilidades motoras de forma muito mais rápida e completa do que animais controlados. Os escaneamentos cerebrais mostraram uma redução significativa do volume total do cérebro que foi destruído pelo acidente vascular cerebral.

Estes estudos foram parcialmente financiados pela American Heart Association, National Institutes of Health, U.S. Department of Veterans Affairs e pelo Department of Neurological Surgery .

Outras investigações mostraram que o FosDT estimula um caminho para a morte celular, ao mesmo tempo que prejudica caminhos de sobrevivência celular. Interferindo com ambos os mecanismos, poderiam explicar os benefícios, diz Mehta.

Nós não mudamos a agressão inicial, causada pela falta de oxigênio“, diz Vemuganti, “mas esta abordagem orientada reduziu consideravelmente os danos após uma semana. Nós não podemos reverter completamente os danos pós acidente vascular cerebral, mas o dano total diminuiu em um terço. Se pudermos proteger ao máximo o tecido  do acidente vascular cerebral, isso será um enorme benefício.

Pelo fato dos danos pós acidente vascular cerebral (a “lesão de reperfusão”) poderem ser ainda mais incapacitantes do que os dano causados pela perda inicial de fluxo sanguíneo, Vemuganti diz que está buscando diversas linhas de pesquisas.Estamos explorando ainda mais o mecanismo, e estamos nos preparando para ver o que acontece depois de um acidente vascular cerebral em ratos que não possuem nenhum gene para o FosDT.

Embora as taxas de acidente vascular cerebral tenham caído nas últimas décadas, cerca de 795 mil norte-americanos têm um AVC a cada ano, e o acidente vascular cerebral continua entre as principais causas de incapacidade.

Temos a intenção de perseguir vigorosamente este achado“, disse Vemuganti.

Você pode saber mais sobre RNA não codificadores AQUI. (Jeph Simple)

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Porque os darwinistas estão furiosos com o projeto ENCODE? Livnat explica.

Por Wallace Barbosa.

 

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Uma das maiores ambições do mundo científico é compreender o genoma humano (DNA) em sua totalidade, e um dos maiores passos nesse sentido foi o Projeto Genoma Humano, iniciado em 1988 [1]. Dada a complexidade do nosso DNA (e a tecnologia menos avançada da época), o primeiro esboço do genoma inteiro só veio a ser divulgado em 2000, levando mais 3 anos para a divulgação de sua forma definitiva [1].

Apesar de o genoma ter sido completamente mapeado, logo ficou claro que os cientistas não chegaram nem perto de atingir seu objetivo final. Dos mais de 3.2 bilhões de bases pareadas do nosso DNA, menos de 2% representa a região responsável por codificar proteínas (isto é, que possuem “instruções” sobre como “montá-las”) [2]. Ou seja, ~98% do DNA se mostrou um completo mistério e, graças ao pensamento darwinista, essa vasta região foi e ainda é rotulada como “junk DNA” (DNA lixo), mera “sucata” acumulada durante bilhões de anos de história e “experimentos” evolutivos.[3]

 

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A fim de elucidar a função dessa região, surgiu o projeto internacional ENCODE (Enciclopédia de Elementos do DNA) em 2003, contando com a participação de 27 institutos [4]. Em 2012, a bomba: em um artigo assinado por todos os líderes do projeto, divulgou-se que ao menos 80.4% do genoma humano é ativo, funcional [5][6]! Eu uso o termo “bomba” porque essa notícia se tornou o estopim de uma verdadeira controvérsia acadêmica, justamente por ter instigado a ira de um certo grupo… Sim, é claro que estou me referindo aos biólogos evolutivos, que logo publicaram críticas exasperadas contra o projeto ENCODE (contra o percentual citado acima e contra a afirmação de que “todos os livros didáticos estão errados[6], feita por um dos líderes do ENCODE), a exemplo de Dan Graur [6] e W. F. Doolitler [7], entre outros.

Aparentemente, o embate é motivado pela definição de “função” usada pela equipe do ENCODE (para eles, funcionalidade é atribuída a segmentos no genoma que codificam um produto definido (e.g. proteína ou RNA não-codificante (ncRNA)) ou demonstram uma assinatura bioquímica (segmentos onde proteínas se ligam; encontrados em regiões de cromatina aberta; localizados em regiões contendo acentuassomos (enhancers); segmentos que contenham uma região CpG metilada ou que sejam associados a histonas [5, 6]). Para Graur e colegas darwinistas, “função” significa uma região “conservada” pela seleção “purificadora” que não pode ser sujeita a mutações deletérias [6], encontrada em duas ou mais espécies próximas [8].

Todavia, como podemos ler nas palavras de Adi Livnat citadas na imagem, a disputa contra os 80% é claramente causada por sua incompatibilidade com o paradigma darwinista tradicional que impera desde os anos 30 (data de origem da síntese moderna), que defende que mutações benéficas que se acumulariam ao ponto de gerarem alguma função (e.g. um gene que produza uma proteína responsável por um fenótipo) seriam conservadas pela seleção natural. Mas, para gerar um só gene operante, muitas tentativas falhas ocorreriam, gerando um monte de sucata acumulada.

Desse modo, o apego dos darwinistas ao tal paradigma supera até a sede e respeito pelo progresso científico… E não estou blefando, como podemos ver nas palavras de Doolitle:

‘Eu sugerirei que nós, como biólogos, defendamos a concepção tradicional de função: a publicidade ao redor do ENCODE revela a extensão do quanto essa concepção tem erodido’[7]

Já Graur atesta que o ENCODE não oferece razões suficientes para:

‘Abandonar a concepção prevalente entre os biólogos evolutivos segundo a qual muito do genoma humano é desprovido de função’
[6]

Segundo esse pensamento anticientífico, eles predizem que a maior parte do junk DNA nunca sequer irá adquirir função alguma [9]! Imaginem o que seria da ciência se toda a comunidade levasse essa suposição darwinista a sério… Simplesmente todas as pesquisas seriam abandonadas, afinal, de que adianta pesquisar sucata inútil? Mas, diferente deles, pesquisadores biomédicos têm celebrado o projeto ENCODE, reconhecendo seu benefício potencial para a medicina. Marco Galasso et al. descrevem bem a importância do estudo dos ncRNAs:

‘Nos últimos anos se tornou claro que os ncRNAs estão envolvidos em muitos processos fisiológicos e contribuem na alteração molecular em casos patológicos. Inúmeras classes de ncRNAs, como o siRNA, microRNA, piRNA, snRNA e regiões transcritas ultra-conservadas têm participação em casos de câncer, doenças cardíacas, desordens auto-imunes, metabólicas e neurodegenerativas. NcRNAs possuem papel fundamental na regulação genética […]’ [10]

Em harmonia com o que é defendido pelos proponentes do Design Inteligente, Bhatia e Kleinjan [11] relatam:

‘O CONTROLE PRECISO da expressão de PROGRAMAS genéticos é crucial para o estabelecimento de diversos padrões de atividades gênicas necessárias para o desenvolvimento, modelagem e diferenciação de milhares de tipos de células de um organismo. A importância crucial das regiões não-codificantes é um fato bem estabelecido e depende de diversos grupos de fragmentos chamados de elementos cis-regulatórios […] Maior entendimento sobre o controle da expressão dos genes é de suma importância para a saúde humana, visto que defeitos nessa regulação são uma sabida causa significante de enfermidades.’

(Ênfase minha)

Os diversos danos que a evolução vem causando à ciência são algumas das maiores razões pelas quais nos manifestamos contra essa equivocada “teoria”. Os erros induzidos pelo darwinismo no passado (como é o caso das fraudes de Haeckel e o homem de Piltdown, etc; conceitos nocivos (e.g. órgãos “vestigiais”, eugenia e darwinismo social) e equívocos científicos (junk DNA)) são até perdoáveis; agora é inadmissível que darwinistas prossigam prejudicando a ciência em prol da manutenção dessa síntese falha e arcaica, tudo isso por obstinação e intriga contra o movimento do design inteligente, como apontado por J. Mattick e Dinger [3]:

‘Finalmente, sugerimos que a resistência contra os resultados do ENCODE é motivada também, em certos casos, pelo uso do conceito dúbio do junk DNA como evidência contra o design inteligente’.

E o furor dos darwinistas contra o ENCODE continua, inclusive nas redes sociais [12], mas nada vai barrar a noção revelada pelos dados do projeto, e múltiplos estudos paralelos continuam revelando funções relevantes, dezenas de ncRNAs fundamentais para a estabilidade do genoma e sua regulação, o que tem levado defensores da evolução, incluindo o próprio Adi Livnat, a defenderem a reforma ou substituição da síntese moderna. E, como sempre, o avanço dessas pesquisas (e da ciência em geral) somente reforçará ainda mais a noção do DI em todos os aspectos da biologia.

 

 

Referências

[1] The Human Genome Project Completion: Frequently Asked Questions. <https://www.genome.gov/11006943>

[2] Cory McLean and Gill Bejerano. Dispensability of mammalian DNA. Genome Res. Oct 2, 2008; doi: 10.1101/gr.080184.108

[3] J S Mattick, M E Dinger. The extent of functionality in the human genome. The HUGO Journal 2013, 7:2 doi:10.1186/1877-6566-7-2

[4] The ENCODE Project Consortium (2011) A User’s Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE). PLoS Biol 9(4): e1001046. doi:10.1371/
journal.pbio.1001046

[5] The ENCODE Project Consortium (2012) An integrated encyclopedia of DNA
elements in the human genome. Nature. 2012 Sep 6;489(7414):57-74 doi:10.1038/nature11247

[6] Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B.R. Azevedo, Rebecca A. Zufall, and Eran Elhaik (2013). On the Immortality of Television Sets: “Function” in the Human Genome According to the Evolution-Free Gospel of ENCODE. Genome Biol. Evol.5 (3):578–590. doi:10.1093/gbe/evt028

[7] W. Ford Doolittle (2012) Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE. PNAS April 2, 2013 vol. 110 no. 14 5294-5300 doi: 10.1073/pnas.1221376110

[8] Manolis Kellis et al. Defining functional DNA elements in the human genome. PNAS April 29, 2014 vol. 111 no. 17 6131-6138 doi:10.1073/pnas.1318948111

[9] Garrido-Ramos (2015) Satellite DNA in Plants: More than Just Rubbish. Cytogenet Genome Res 2015;146:153-170 (DOI:10.1159/000437008)

[10] Marco Galasso, Maria Elena Sana and Stefano Volinia (2010) Non-coding RNAs: a key to future personalized molecular therapy? Genome Medicine 2010, 2:12 doi:10.1186/gm133

[11] Shipra Bhatia, Dirk A. Kleinjan. (2014) Disruption of long‑range gene regulation in human genetic disease: a kaleidoscope of general principles, diverse mechanisms and unique phenotypic consequences. Hum Genet DOI 10.1007/s00439-014-1424-6. Springer

[12] Chris Woolston. Furore over genome function. Nature 512, 9 (07 August 2014) doi:10.1038/512009e Published online 06 August 2014

O que é realmente a Teoria do Design Inteligente?

Resumindo este tópico do Evolution News… >>>> “O que é realmente a Teoria do Design Inteligente?”

 

Quem é o designer?
O que faz o designer?
Como é que ele faz?
Onde ele faz?
Quando ele faz?

 

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Muitos críticos do ID promovem versões falsas, espantalhos da TDI:

O design inteligente afirma que a vida é tão complexa, que não poderia ter evoluído, portanto, ela foi projetada por uma inteligência sobrenatural.

 

Bom,

 

Parte A O que o design inteligente não é.

 

1. ID não é somente um argumento negativo contra evolução.

ID não é apenas mero argumento contra evolução, ID oferece um forte argumento positivo, baseando-se em encontrar na natureza o tipo de informação e complexidade que vem somente de inteligência (baseando-se em nossa experiência).

2. ID não é uma teoria sobre o designer ou sobre o sobrenatural.

É um dos erros dos críticos, sugerir que a teoria está focada em estudar o designer; mais especificamente forças sobrenaturais ou uma divindade. Quando o ID estuda objetos naturais para determinar se eles carregam uma assinatura informativa indicando uma causa inteligente.
ID não se propõe a identificar a natureza ou a identidade dessa causa.

Como William Dembski explica:

 

O design inteligente é a ciência que estuda os sinais de inteligência. Note que um sinal não é a coisa significada ….. Como um programa de pesquisa científica, design inteligente investiga os efeitos da inteligência, não a inteligência como tal.[1]

 

Michael Behe explica:

Muitas pessoas (inclusive eu) vão atribuir o projeto a Deus – com base, em parte, em outros, julgamentos não científicos que fizeram – eu não afirmo que a evidência bioquímica leva inevitavelmente a uma conclusão sobre quem é o designer . Na verdade, eu disse diretamente que, de um ponto de vista científico, a questão permanece em aberto. … A evidência bioquímica indica fortemente design, mas não mostra aonde o designer estava.” [2]

 

3. ID não é uma teoria de tudo.

ID é uma teoria científica de detecção de design, e isso é tudo.
ID não é uma teoria em pleno desenvolvimento, sobre tudo.Quem esperar ou exigir que o ID explique tudo sobre a história da vida e do cosmos, vai se decepcionar.

Se você quer saber se algo foi projetado ou não, tudo bem, volte-se para o ID.

 

 

Parte B... O que é o design inteligente.

 

1. ID utiliza argumento positivo baseado em encontrar elevados níveis de informação complexa e especificada.

A teoria do design inteligente começa com observações de como agentes inteligentes agem quando eles projetam coisas. A inteligência humana proporciona um grande conjunto de dados empíricos para estudar os produtos da ação de agentes inteligentes. Este conjunto de dados, baseado em observação atual estabelece relações de causa e efeito entre a ação inteligente e certos tipos de informação.

William Dembski observa que “[o] princípio característico da agência inteligente é contingência dirigida, ou o que chamamos de escolha.” [3] Dembski chama o ID de “uma teoria da informação”, onde “a informação torna-se um indicador confiável de design, bem como um objeto adequado para a investigação científica. [4] A relação de causa e efeito pode ser estabelecida entre mente e informações. Como o teórico da informação Henry Quastler observou, a “criação de novas informações é habitualmente associada à atividade consciente.[5]

2. O projeto inteligente é uma ciência histórica que é metodologicamente equivalente ao neo darwinismo.

Como já vimos, o design inteligente é essencialmente uma ciência histórica, o que significa que estuda as causas atuais e, em seguida, as aplica ao registro histórico para inferir a melhor explicação para a origem dos fenômenos naturais. O design inteligente usa o raciocínio uniformista com base no princípio de que “o presente é a chave para o passado.”

Darwinistas usam este método para mutações e seleção. Afim de reconhecer capacidades causais e efeitos no mundo atual.Em seguida, tentam explicar o registro histórico em termos dessas causas, por exemplo buscando a reconhecer os efeitos conhecidos da mutação e seleção no registro histórico.

O design inteligente aplica esse mesmo método, estudando causas como a inteligência, a fim de reconhecer as suas capacidades causais e efeitos no mundo atual. Os teóricos do DI estão interessados em compreender os poderes de informação-generativa de agentes inteligentes. Os teóricos do DI, em seguida, tentam explicar o registro histórico, incluindo apelos para essa causa, procurando reconhecer os efeitos conhecidos de design inteligente (por exemplo, alta CSI) no registro histórico.

Então, se nós apelarmos para causas materialistas como mutação e seleção, ou causas não materiais, como o design inteligente, estamos usando o mesmo raciocínio uniformista básico e métodos científicos que são bem aceitos em ciências históricas. ID e neo-darwinismo são, portanto, metodologicamente equivalentes, o que significa que ambos são ou ciência, ou ambos não são ciência. No entanto, podemos saber que ID é ciência, porque ele usa o método científico.

3. O design inteligente usa o método científico.

ID usa o método científico para fazer suas reivindicações. Este método é comumente descrito como um processo de quatro etapas de: observações, hipóteses, experimentos e conclusão. Agora vou ilustrar isto referindo-se a quatro áreas científicas: bioquímica, paleontologia, sistemática e genética.

 

° ID e Bioquímica:

Observação: Os agentes inteligentes resolvem problemas complexos, atuando com um objetivo final em mente, produzindo altos níveis de CSI. Em nossa experiência, os sistemas com grandes quantidades de complexidade específica – como códigos e linguagens – invariavelmente são originários de uma fonte inteligente. Da mesma forma, em nossa experiência, a inteligência é a única causa conhecida de máquinas irredutivelmente complexos. [6]

Hipótese (Previsão): estruturas naturais que contêm muitas peças dispostas em intrincados padrões (incluindo a complexidade irredutível) que realizam uma função específica – indicando altos níveis de CSI.

Experiência: investigações experimentais de DNA indicam que ele é composto de um código baseado em linguagem rica em CSI. Os biólogos realizaram testes de sensibilidade mutacionais em proteínas e determinaram que as suas sequências de aminoácidos são altamente especificadas. [7] Além disso, experimentos genéticos inesperados e outros estudos têm mostrado que algumas máquinas moleculares, como o flagelo, são irredutivelmente complexas. [8]

Conclusão: Os altos níveis de CSI – incluindo a complexidade irredutível – em sistemas bioquímicos são melhor explicadas pela ação de um agente inteligente.

 

° ID e Paleontologia:

Observação: Os agentes inteligentes infundem rapidamente grandes quantidades de informação em sistemas. Como quatro teóricos do DI escreveram: “design inteligente fornece uma explicação causal suficiente para a origem de grandes quantidades de informação … o design inteligente de um projeto muitas vezes precede a montagem de peças de acordo com um projeto ou plano de projeto preconcebido.” [9]

Hipótese (Previsão): Formas que contêm grandes quantidades de novas informações aparecem no registro fóssil de repente e sem precursores semelhantes.

Experiência: Estudos sobre o registro fóssil mostram que as espécies geralmente aparecem de forma abrupta, sem precursores semelhantes. [10] A explosão cambriana é um excelente exemplo, embora existam outros exemplos de explosões na história da vida. Grandes quantidades de informações complexas e especificadas tiveram que surgir rapidamente para explicar o aparecimento abrupto dessas formas.[11]

Conclusão: O aparecimento abrupto de novos planos corporais totalmente formados no registro fóssil é melhor explicado por design inteligente.

° ID e Sistemática:

Observação: Os agentes inteligentes, muitas vezes reutilizam componentes funcionais em diferentes projetos. Como Paul Nelson e Jonathan Wells explicam: “. Uma causa inteligente pode reutilizar ou reimplantar o mesmo módulo em sistemas diferentes … [e] gerar padrões idênticos de forma independente” [12]

Hipótese (Previsão): Os genes e outras partes funcionais, normalmente, serão reutilizados em diferentes organismos. [13]

Experiência: Estudos de anatomia comparativa e genética descobriram peças semelhantes comumente existentes em organismos muito diferentes. Exemplos de “evolução extrema convergente” mostram reutilização de genes funcionais e estruturas de um modo não previsto pela ancestralidade comum.[14]

Conclusão: A re-utilização de partes altamente complexas e semelhantes, em organismos amplamente diferentes do padrão de árvore (arvore da vida) é melhor explicado através da ação de um agente inteligente.

 

° ID e Genética:

Observação: Os agentes inteligentes constroem estruturas com finalidade e função. Como William Dembski argumenta: “Considere o termo ‘DNA lixo’. … Em uma visão evolucionista esperamos uma grande quantidade de ADN inútil. Se, por outro lado, os organismos foram concebidos, esperamos que o ADN, tanto quanto possível,venha exibir função “. [15]

Hipótese (Previsão): Muito do chamado “DNA lixo” vai revelar que desempenha funções valiosas.

Experiência: Numerosos estudos têm descoberto funções no “DNA lixo”. Exemplos incluem funções para pseudogenes, íntrons e DNA repetitivo. [16]

Conclusão: A descoberta da função para vários tipos de “DNA lixo” foi prevista com sucesso pelo design inteligente.

Desta forma, podemos verificar que o design inteligente é uma teoria científica de boa-fé que usa o método científico para fazer suas reivindicações em vários campos científicos.

 

 

 

Referências usadas neste artigo:

[1.] William Dembski, The Design Revolution (InterVarsity Press, 2004), p. 33.

[2.] Michael Behe, “Philosophical Objections to Intelligent Design: Response to Critics,” (July 31, 2000) at

[3] William A. Dembski, The Design Inference: Eliminating Chance through Small Probabilities (Cambridge University Press 1998), p. 62.

[4] William A. Dembski, “Intelligent Design as a Theory of Information,” in Intelligent Design Creationism and Its Critics: Philosophical, Theological, and Scientific Perspectives (Robert T. Pennock ed., MIT Press 2001), p. 553.

[5] Henry Quastler, The emergence of biological organization, (Yale University Press, 1964), p. 16.

[6] Scott A. Minnich and Stephen C. Meyer, “Genetic analysis of coordinate flagellar and type III regulatory circuits in pathogenic bacteria,” Proceedings of the Second International Conference on Design & Nature, Rhodes Greece, edited by M.W. Collins and C.A. Brebbia (WIT Press, 2004).

[7] Douglas D. Axe, “Extreme Functional Sensitivity to Conservative Amino Acid Changes on Enzyme Exteriors,” Journal of Molecular Biology, Vol. 301:585-595 (2000); Douglas D. Axe, “Estimating the Prevalence of Protein Sequences Adopting Functional Enzyme Folds,” Journal of Molecular Biology, 1-21 (2004); Ann K Gauger, Stephanie Ebnet, Pamela F Fahey, Ralph Seelke, “Reductive Evolution Can Prevent Populations from Taking Simple Adaptive Paths to High Fitness,” BIO-Complexity, Vol. 2010; Ann K. Gauger and Douglas D. Axe, “The Evolutionary Accessibility of New Enzyme Functions: A Case Study from the Biotin Pathway,” BIO-Complexity, Vol. 2011(1) (2011).

[8.] See Kitzmiller Transcript of Testimony of Scott Minnich pp. 99-108, November 3, 2005; Robert M. Macnab, “Flagella,” in Escherichia Coli and Salmonella Typhimurium: Cellular and Molecular Biology Vol. 1, eds. Frederick C. Neidhardt, John L. Ingraham, K. Brooks Low, Boris Magasanik, Moselio Schaechter, and H. Edwin Umbarger (Washington D.C.: American Society for Microbiology, 1987), pp. 73-74.

[9.] Stephen C. Meyer, Marcus Ross, Paul Nelson, and Paul Chien, “The Cambrian Explosion: Biology’s Big Bang,” in Darwinism, Design, and Public Education, eds. John A. Campbell and Stephen C. Meyer (East Lansing, MI: Michigan State University Press, 2003), pp. 367, 386.

[10.] See Meyer, Ross, Nelson, and Chien, “The Cambrian Explosion: Biology’s Big Bang;” Wolf-Ekkehard Lönnig, “Dynamic genomes, morphological stasis, and the origin of irreducible complexity,” Dynamical Genetics, eds. Valerio Parisi, Valeria De Fonzo, and Filippo Aluffi-Pentini (Kerala, India, Research Signpost, 2004), 101-119; A.C. McIntosh, “Evidence of Design in Bird Feathers and Avian Respiration,” International Journal of Design & Nature and Ecodynamics, Vol. 4: 154-169 (2009).

[11.] Meyer, “The origin of biological information and the higher taxonomic categories.”

[12.] Paul Nelson and Jonathan Wells, “Homology in Biology,” in Darwinism, Design, and Public Education, eds. John Angus Campbell and Stephen C. Meyer (East Lansing: Michigan State University Press, 2003), p. 316.

[13.] In this case of systematics, neo-Darwinism might make some of the same predictions. Is this a problem for the positive case for design? Not at all. The fact that another theory can explain some data does not negate ID’s ability to successfully predict what we should find in nature. After all, part of making a “positive case” means that the arguments for design stand on their own and do not depend on refuting other theories. Moreover, there are many cases of supposed extreme “convergent evolution” that are better explained by common design. Additionally, regarding the predictions from biochemistry), paleontology, and genetics, neo-Darwinism has made different predictions from ID. In any case, in this example ID makes a slightly different prediction in that it does not predict that re-usage of parts must necessarily occur in a nested hierarchical pattern–a prediction which is in fact confirmed. See chapters 5-6 in Stephen C. Meyer, Darwin’s Doubt: The Explosive Origin of Animal Life and the Case for Intelligent Design (HarperOne, 2013).

[14.] John A. Davison, “A Prescribed Evolutionary Hypothesis,” Rivista di Biologia / Biology Forum, Vol. 98 (2005): 155-166; Nelson and Wells, “Homology in Biology;” Lönnig, “Dynamic genomes, morphological stasis, and the origin of irreducible complexity;” Michael Sherman, “Universal Genome in the Origin of Metazoa: Thoughts About Evolution,” Cell Cycle, 6: 1873-1877 (August 1, 2007).

[15.] William A. Dembski, “Science and Design,” First Things, Vol. 86 (October, 1998).

[16.] See Jonathan Wells, The Myth of Junk DNA (Discovery Institute Press, 2011); Richard Sternberg, “On the Roles of Repetitive DNA Elements in the Context of a Unified Genomic-Epigenetic System,” Annals of the NY Academy of Science, Vol. 981: 154-188 (2002); James A. Shapiro, and Richard Sternberg, “Why repetitive DNA is essential to genome function,” Biological Reviews of the Cambridge Philosophical Society, Vol. 80: 227-250 (2005); A.C. McIntosh, “Information and Entropy–Top-Down or Bottom-Up Development in Living Systems?,” International Journal of Design & Nature and Ecodynamics, Vol. 4: 351-385 (2009); The ENCODE Project Consortium, “An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome,” Nature, Vol. 489: 57-74 (September 6, 2012).

Function, the evolution-free gospel of ENCODE

[Traduzirei em breve]

There is no better title for this post than the very title some Darwinists chose for themselves:

On the immortality of television sets: “function” in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE

Darwinists are still struggling to come to terms with the idea, from the ENCODE project, that 80% of the genome is functional. Whatever Dawkins now says, according to their model, only about 10% should be subject to natural selection, leaving 70% unexplained. This cannot be!

Apparently, ENCODE are to be criticised for using an ‘evolution-free’ definition of function. Yep, you heard that right. You thought that function was function was function, but oh no, you must use a evolution-y definition or you will not get the ‘correct’ evolution-y answer. It seems awfully like you need to presuppose Darwinism or you will not find Darwinism. Can that be right?

The excuse for this is some interesting Darwinian philosophy (or do I mean sophistry? – make up your mind below): the authors believe that function means nothing (is purely subjective) unless it is selected for. For example, the heart causes the pericardium (the membrane around the heart) to not collapse by filling space, so we could call that a function, but it is selected for pumping blood.

Well, yes, that’s an interesting point, and that’s where it ends for a Darwinist because Darwinists resist the possibility of purpose. But it is nonsense to an engineer. An engineer would not make the mistake of seeing the pericardium as more important than the heart. A broken watch may still contain many functional components even if overall it does nothing. A TV switched off is still a TV even if it never functions. Is that subjective?

It depends what you mean by subjective. If your only ultimate reference frame is physics (and biology as a derivative of physics), then of course all intelligent agents are in fact subjective! For much of what we know, never mind religion and ethics, even in something solid like the definition of a motor, there is no way of translating it into physical equations (you could describe an instance of a motor but that would not capture all possible motors or what ‘motorness’ is – physics makes motors work but it doesn’t know what they are). However, what if all intelligent agents shared that ‘subjective’ knowledge? Then it isn’t really subjective anymore is it? At very least, a being that knows what a motor is, or that a bacterial flagellum is a motor, is more intelligent than one that does not. When we say there is an intelligence out there, we mean there must be a being like us in this respect. A being who wouldn’t be so stupid as to think that the heart was put in to hold up the pericardium. We might not be able to explain why that is stupid, but that doesn’t stop it from being objectively stupid. See my point? Darwinians effectively deny intelligence full stop, writing it off as subjectivity.

Amongst other things the ENCODE authors are lambasted for not distinguishing between ‘Junk DNA’ and ‘Garbage DNA’. No seriously, ‘junk’ now means stuff that is functional, but not used very often, but could be used, like stuff in your attic is ‘junk’. It is different from ‘garbage’, which is the stuff that you would put straight in the bin. ‘junk’ is now a rather misleading word for ‘functional’. So our genome is full of ‘junk’ that is useful and functional, but to a Darwinian it does not count until it starts getting used so that natural selection can get the credit. How convenient! The possibility of design is sidestepped by careful choice of language. Welcome to 1984! A better word might be ‘archived’ rather than ‘junk’.

This article tells us a lot about what is wrong with the whole project. The way to find out if the genome is functional or not, is to look directly for actual function. No presuppositions, just objectivity. But they criticise the attempts of ENCODE to do that. Instead these guys are focussing on searching for indirect evidence of natural selection, with models replete with assumptions and complexities, all presupposing that Darwinism is true. If the Darwinist approach was followed (thankfully many scientists ignore it!) the simple question “functional or not?” could potentially get buried for decades more, under the continuing assumption that most is not. A few more valuable decades in which Darwinists tell us not to bother go looking for function, so slowing down scientific progress.

I, and many of us, hold to an ID worldview firstly and most securely because of what we know about prebiotic chemistry and thus the origin of the first life form. Based on that, because I know there has been a designer involved, I think probably a lot of ‘junk’ will turn out to be ‘brought down from the attic’ at various stages of an organisms life, especially in the developing stages. Time will tell.

Scientific means finding out what is actually there. ENCODE are to be praised for doing that. Darwinism has always been about telling creation myths from the point of view of naturalism (roughly, physics only), and shoehorning every fact into the story. ENCODE are now receiving scorn because they did not wait for the Darwinian imprimatur. Intelligent Design people and creationists (in fact everyone who is not a Darwinist) should take courage from this, jump in and start driving forward ordinary mainstream science, but just make sure they sidestep the attempts to sign them up to that cult.

Fonte: Uncommon Descent

DNA Lixo – A piada evolucionista.

 
 
 
NATURE | NEWS FEATURE
 
ENCODE: The human encyclopaedia
 
First they sequenced it. Now they have surveyed its hinterlands. But no one knows how much more information the human genome holds, or when to stop looking for it.
 
Brendan Maher
 
05 September 2012
 
Ewan Birney would like to create a printout of all the genomic data that he and his collaborators have been collecting for the past five years as part of ENCODE, the Encyclopedia of DNA Elements. Finding a place to put it would be a challenge, however. Even if it contained 1,000 base pairs per square centimetre, the printout would stretch 16 metres high and at least 30 kilometres long.
 
ENCODE was designed to pick up where the Human Genome Project left off. Although that massive effort revealed the blueprint of human biology, it quickly became clear that the instruction manual for reading the blueprint was sketchy at best. Researchers could identify in its 3 billion letters many of the regions that code for proteins, but those make up little more than 1% of the genome, contained in around 20,000 genes — a few familiar objects in an otherwise stark and unrecognizable landscape. Many biologists suspected that the information responsible for the wondrous complexity of humans lay somewhere in the ‘deserts’ between the genes. ENCODE, which started in 2003, is a massive data-collection effort designed to populate this terrain. The aim is to catalogue the ‘functional’ DNA sequences that lurk there, learn when and in which cells they are active and trace their effects on how the genome is packaged, regulated and read.
 
After an initial pilot phase, ENCODE scientists started applying their methods to the entire genome in 2007. Now that phase has come to a close, signalled by the publication of 30 papers, in Nature, Genome Research and Genome Biology. The consortium has assigned some sort of function to roughly 80% of the genome, including more than 70,000 ‘promoter’ regions — the sites, just upstream of genes, where proteins bind to control gene expression — and nearly 400,000 ‘enhancer’ regions that regulate expression of distant genes (see page 57)1. But the job is far from done, says Birney, a computational biologist at the European Molecular Biology Laboratory’s European Bioinformatics Institute in Hinxton, UK, who coordinated the data analysis for ENCODE. He says that some of the mapping efforts are about halfway to completion, and that deeper characterization of everything the genome is doing is probably only 10% finished. A third phase, now getting under way, will fill out the human instruction manual and provide much more detail.

 
 
Many who have dipped a cup into the vast stream of data are excited by the prospect. ENCODE has already illuminated some of the genome’s dark corners, creating opportunities to understand how genetic variations affect human traits and diseases. Exploring the myriad regulatory elements revealed by the project and comparing their sequences with those from other mammals promises to reshape scientists’ understanding of how humans evolved.
 
Yet some researchers wonder at what point enough will be enough. “I don’t see the runaway train stopping soon,” says Chris Ponting, a computational biologist at the University of Oxford, UK. Although Ponting is supportive of the project’s goals, he does question whether some aspects of ENCODE will provide a return on the investment, which is estimated to have exceeded US$185 million. But Job Dekker, an ENCODE group leader at the University of Massachusetts Medical School in Worcester, says that realizing ENCODE’s potential will require some patience. “It sometimes takes you a long time to know how much can you learn from any given data set,” he says.
 
Even before the human genome sequence was finished2, the National Human Genome Research Institute (NHGRI), the main US funder of genomic science, was arguing for a systematic approach to identify functional pieces of DNA. In 2003, it invited biologists to propose pilot projects that would accrue such information on just 1% of the genome, and help to determine which experimental techniques were likely to work best on the whole thing.
 
The pilot projects transformed biologists’ view of the genome. Even though only a small amount of DNA manufactures protein-coding messenger RNA,for example, the researchers found that much of the genome is ‘transcribed’ into non-coding RNA molecules, some of which are now known to be important regulators of gene expression. And although many geneticists had thought that the functional elements would be those that are most conserved across species, they actually found that many important regulatory sequences have evolved rapidly. The consortium published its results3 in 2007, shortly after the NHGRI had issued a second round of requests, this time asking would-be participants to extend their work to the entire genome. This ‘scale-up’ phase started just as next-generation sequencing machines were taking off, making data acquisition much faster and cheaper. “We produced, I think, five times the data we said we were going to produce without any change in cost,” says John Stamatoyannopoulos, an ENCODE group leader at the University of Washington in Seattle.
 
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NATURE ENCODE

 
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NOTA DESTE BLOGGER:
 
A  vindicação impressionante de uma previsão dos teóricos do Design Inteligente de que o genoma, longe de ser cheio de “lixo” sem função, iria se revelar como tendo funcionalidade em grande escala:

No livro The Myth of Junk DNA, Jonathan Wells escreveu:
 
Far from consisting mainly of junk that provides evidence against intelligent design, our genome is increasingly revealing itself to be a multidimensional, integrated system in which non-protein-coding DNA performs a wide variety of functions. If anything, it provides evidence for intelligent design. Even apart from possible implications for intelligent design, however, the demise of the myth of junk DNA promises to stimulate more research into the mysteries of the genome. These are exciting times for scientists willing to follow the evidence wherever it leads.

(Jonathan Wells, The Myth of Junk DNA, pp. 9-10 (Discovery Institute Press, 2011).)

Por muitos anos, a defesa do DNA”lixo” pelos evolucionistas – atrelados caninamente ao paradigma neodarwinista – impediu que a ciência fizesse grandes descobertas sobre o genoma humano! Então, cara-pálidas da Nomenklatura científica, qual teoria ou teóricos realmente impede o avanço da ciência? Galera dos meninos e meninas de Darwin, nota do tio Neddy: não pode mais usar o DNA “lixo” como argumento contra a teoria do Design Inteligente, visse?

Fui, nem sei por que, rindo, mas rachando de rir da cara de alguns mandarins da Nomenklatura científica tupiniquim que fizeram carreira e retórica inflamada em cima do DNA “lixo” como sendo um fato científico contra a teoria do Design Inteligente. Uma hora dessas eles devem ter enfiado o rabo entre as pernas…